Può anche darsi che tu ci tenga a togliere la numerazione dalle prime due pagine, e può anche darsi che si possa fare senza troppo sforzo. Ma stai perdendoti dietro un dettaglio insignificante; una presentazione non è un testo stampato, quindi che i quadri siano o non siano numerati è irrilevante, come è irrilevante che siano numerati ma il numero non sia mostrato (come il quadro iniziale in stile plain, numerato, ma senza che il numero venga mostrato). In un certo senso una presentazione è un documento che viene mostrato agli uditori una volta sola, non letto e riletto, meno che mai annotato.
Tieni presente che il numeri di frame sono cose molto importanti per beamer, per poter eseguire i salti mediante i collegamenti ipertestuali e hyperref, che viene caricato direttamente da beamer, è di bocca difficile per quel che riguarda le numerazioni, in quanto deve comunque generare delle ancore e dei bersagli univoci sulla base delle numerazioni degli oggetti a cui puntare.
Io ti suggerirei di lasciar perdere, perché il gioco non vale la candela, secondo me, s’intende.