Non direi proprio che il pacchetto caption contenga un errore; stabilito il fatto che la distanza fra la didascalia e la tabella si può regolare come caratteristica dell’intero documento il problema è risolto cone le tabelle tabular.
Le tabelle array non sono tabelle nel senso stretto della aprola, tant’è che le puoi comporre solo in ambiente matematico; e se usi per questo ambiente la scrittura \[…\] metti la tabella array in display con il suo bravo \abovedisplayskip e \belowdisplayskip. eventualmente usando Ima non lo vedo facile dopo una didascalia) le versioni short se il testo che precede l’ambiente amtematico o quello che segue sono formati da righini così corti
Se invece racchiudi la tabella dentro un \makebox{}$\displaystyle …$ sei o vai in modo testo, senza spaziature ulteriori, e se all’inizio di tabular hai scritto \centering, questo pezzetto di testo viene composto al centro.
Ripeto, l’errore non è di caption o di LaTeX, ma l’errore è di usare \[…\]