Posso sbagliarmi, ma secondo me è un errore tattico lasciare un bordo aggiuntivo (sia con pdfcrop sia con eps2eps, sia con qualunque altro programma).
Mi rendo conto che talvolta può essere necessario, ma la soluzione migliore è quella di includere una figura completamente scontornata, dentro una \fbox di cui \fboxsep sia specificato al valore dell’ampiezza del bordo che si vuole (eventualmente anche colorato, con i comandi adatti) e con \fboxrule impostato ad un valore di 0pt; non sarebbe difficile costruire un macro per fare il tutto, eventualmente fornendo l’ampiezza del bordo come argomento facoltativo, ma avendone impostato un valore di default, per esempio (butto giù senza avere controllato il funzionamento):
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\newcommand*\borderfigure[3][3mm]{\bgroup
\fboxrule=0pt\fboxsep=#1\fbox{\includegraphics[width=#2]{#3}}\relax
\egroup}
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In questo modo si può aggiungere un contorno a una figura completamente scontornata, ma si può anche usare la figura scontornata senza bisogno di averne due versioni, una con e una senza il contorno; inoltre con l’argomento facoltativo la larghezza del contorno può essere aggiustata finemente in relazione all’uso che si fa della figura e alla sua grandezza.