Se hai una tastiera italian hai un problema; devi dare il segno ` che manca dalla tastiera italiana; mi pare che si possa ottenere premendo Alt (non AltGr) e poi mentre tieni premuto quel tasto sul tastierino numerico batti il numero 96; come hai finito le cifre e alzi il dito da Alt ti dovrebbe apparire ` che appunto è la virgoletta semplice aperta alta.
se usassi direttamente un editor qualunque potresti sfruttare le possibilità collegate alla configurazione di babel per la lingua italiana e avresti la possibilità di usare \lq (due di seguito producono le doppie virgolette alte) oppure per le virgolette doppi potresti dare “” (due volte il tasto con le virgolette diritte doppie); con LyX sono quasi sicuro che queste cose non funzionino.
Come vedi non sono l’unico a consigliarti di abbandonare LyX.