come riportare sequenze DNA in maniera leggibile?

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  • #68898
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    chiedo un consiglio:

    ho 3 blocchi da 8 righe ciascuno; ogni riga contiene circa 400 caratteri di C,G,A,T.

    pensavo innanzitutto di mettere prima i caratteri [1-200] e sotto o [201-400]

    vorrei sapere se esiste un pacchetto o una maniera che mi consenta di trattare in maniera intelligente tutti questi caratteri:
    creare una tabella mi sembra davvero poco flessibile!

    considerate che potrei avere la necessità di evidenziare/nerettare una colonna, ad esempio

    spero di essere stato sufficientemente chiaro a descrivere la situazione, se aveste dubbi, non esitate!

    PS ho dato un’occhiata ai pacchetti dnaseq e seqsplit, ma il primo sembra più essere impostato per la visualizzazione di una sola catena (sceglie un allineamento prevalentemente verticale mentre io ho bisogno di strisce) mentre il secondo non sembra dare opportunità di rompere la catena ad un carattere dato

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    • #68899
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      Bucky” post=68026chiedo un consiglio:

      ho 3 blocchi da 8 righe ciascuno; ogni riga contiene circa 400 caratteri di C,G,A,T.

      pensavo innanzitutto di mettere prima i caratteri [1-200] e sotto o [201-400]

      vorrei sapere se esiste un pacchetto o una maniera che mi consenta di trattare in maniera intelligente tutti questi caratteri:
      creare una tabella mi sembra davvero poco flessibile!

      considerate che potrei avere la necessità di evidenziare/nerettare una colonna, ad esempio

      spero di essere stato sufficientemente chiaro a descrivere la situazione, se aveste dubbi, non esitate!

      Conosco due pacchetti (dnaseq e texshade): se hai TeXLive completa lo trovi digitando da terminale/prompt dei comandi texdoc dnaseq e texdoc texshade. Altrimenti ricerca in rete.

      Il secondo è più recente e, credo, migliore.

      Ciao
      Claudio

    • #68900
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      sto usando texshade.

      mi sembra molto completo, ma non sono riuscito a fargli fare un’allineamento:

      in pratica ho 3 sequenze da allineare in questo modo:

      `XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
      YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY
      ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ`

      si sovrapprongono parzialmente.

      texshade per ora le allinea tutte alla prima posizione

      `XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
      YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY
      ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ`

      sai darmi una mano ad ottenere l’allineamento esatto?

    • #68901
      OldClaudio
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        Carica il pacchetto amsmath e usa l’ambiente multline:
        `
        \begin{mutline}
        \mbox{XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX} \\
        \mbox{YYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYY}\\
        \mbox{ZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZZ}
        \end{multline}
        `
        Verifica con texdoc amsmath che cosa uoi fare esattamente con gli ambienti matematici.

      • #68902
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        multline può lavorare con texshade senza conflitti?
        l’ho omesso, ma ho bisogno di alcune feature proprie di texshade (ex: numerazione delle basi, evidenziamento delle mutazioni, consenso…)

        insomma: avrei bisogno che lavorasse “con”, non “al posto di”

        ho consultato la documentazione di texshade, ma non ho capito se quest’ordinamento disassato è possibile o no.

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