Ok allora cerco di riassumere, sennò divento matto. Avevamo due distinti problemi
1) adattamento e sorting delle voci di bibleref (indice di citazioni bibliche)
2) sorting dell’indice di default di imakeidx (incipitario greco)
Lasciamo stare il punto 1 che ho risolto lavorando sul foglio di stile, anche se devo ancora fare qualche adattamento grafico
Relativamente al punto 2, ho trovato il file che indicavi dicendo al terminale di mostrarmi i files nascosti, ma era in tutt’altro posto, nella fattispecie (tramite “mostra contenuto pacchetto”):
>/Applications/TeX/TeXShop.app/Contents/Resources/TeXShop/Engines/XeLaTeX.engine
Ammettendo di parlare del medesimo file, spero di aver interpretato bene le tue indicazioni ottenendo il file così modificato

Relativamente al codice, le righe relative all’indice eortologico (incipitario) sono:
`
\usepackage{imakeidx}
\makeindex[program=xindy, options={-C utf8 -M bibleref -I latex}, title=Indice Eortologico, columns=1]
…
\printindex
`
Il risultato finale è tuttavia che non va, non aggiunge neanche nuove voci all’indice, oltre a fare il sorting come prima.
Ho visto tuttavia che nei tuoi esempi usi un imaxeidxx (un pacchetto modificato ad hoc?) e dentro la medesima cartella hai anche degli altri pacchetti. Devo fare lo stesso?
Non ci sto capendo nulla!!!!