Primo: devi lasciare uno spazio fra le opzioni in XeLaTeX.engine
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xelatex -file-line-error -shell-escape -synctex=1 “$1”
`
La mancanza degli spazi è la causa del fatto che non ti abbia funzionato niente.
Secondo: c’è l’altra questione del doppio x: te l’ho detto in qualche messaggio fa e l’ho ripetuto nel file README.txt: devi usare il file imakeidxx.sty che ti ho messo nel file .zip; è importantissimo usare questo file perché tratta i motori xindy e texindy come due motori diversi, a differenza di imakeidx.sty che comunque lancia sempre texindy.
Con texindy (che non è un vero alias di xindy) viene anche invocato un lettergroup per le lettere latine che danneggi il lettergroup delle lettere greche e poi va a cercare un file in un’altra cartella diversa da quella che che bisogna usare per far andare il tuo indice.
A parte cambiare il titolo dell’indice, fai esattamente come ti ho indicato, metti gli spazi nei punti giusti, e nella peggiore delle ipotesi aggiungi fra le options (senza virgolette) “-t \jobname.ilg”; attento agli spazi e alle virgole.
In questo modo scrive nel file ilg quello che fa e se c’è qualcosa ancora che non gli torna lo scrive lì.
Inoltre dopo aver corretto il file XeLaTeX.engine, e aver fatto andare (anche senza indice eortologico, non è importante) apri il file .log (c’è un’apposita voce nel mio TeXShop:Menu::File “View log file) e leggi nelle prime righe se c’è scritto “restricted” prima di write18 enabled; se c’è ancora scritto “restricted” la modifica del file XeLaTeX.engine contiene errori e non produce il cambiamento desiderato.
[Off topic] La tesi è tua e ci scrivi quello che vuoi, ma ti suggerirei di evitare di scrivere eortologico con l’iniziale maiuscola; i titoli sono in italiano, no? Non sono in inglese! E se vuoi controllare anche gli altri titoli non sarebbe male. Scusami per questo suggerimento non richiesto; sono un ficcanaso …[/Off topic]