problema in output

Sono un principiante in Latex che sto utilizzando per la mia stesura di laurea triennale.
Premetto che come editor utilizzo Texstudio, Miktex 2.9 su Windows 7.

\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[english,italian]{babel}
\usepackage[italian]{varioref}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{caption}
\usepackage{subfig}
\usepackage{amsmath,amssymb,amsthm} % per la matematica

\input{frontespizio}
\graphicspath{./jpg/}

\begin{document}

\frontespizio

\input{capitolo3}
\input{metodi}
\input{vibr}

\end{document}

Il problema arriva quando eseguo pdfLatex, guardando il file pdf nel capitolo riservato “metodi” i caratteri accentati non me li fà anzi vengono scritte altre cose, mentre nei input capitolo 3 e vibr, i caratteri accentati sono perfetti. Ciò che non riesco a capire è che, togliendo capitolo3 e vibr, lasciando quindi solo l’input metodi, gli errori precedenti (accenti) non me li fa ed è tutto ok.
Sapete dirmi dove sbaglio?
Grazie a tutti.

Fabio