Io non uso endnotes perché le note di fine capitolo o fine documento servono a paoco. Tuttavia mi rendo conto che esistono delle circostanze che invece consigliano di usarle. dunque per quel che ne so il comando per mandare una nota al fondo, \endnote{produce un numero di richiamo nel punto dove si trova il comando stesso, e un numero di riferimento nella lista delle note finali; queste vengono scritte in un file ausiliario, che viene chiuso e rlietto al momento in cui le endnotes devono essere stampate; ma se il pacchetto endonotes viene caricato prima di hyperref, questo dovrebbe provvedere a generare le ancore e i target per gli hyperlink.
La documentazione di hyperref non dice nulla a proposito del fatto che le endnotes siano gestite o non lo siano; specifica altri “caveat”, ma riguardano pacchetti che hanno a che vedere con la bibliografia o con gli indici analitici.
Il pacchetto endnotes consente di usare \ref e \label dentro le endnotes , e questi sicuramente funzionano correttamente con hyperref.
Non resta che provare.