Ciao, non uso TeXworks, ma presumo tu possa percorrere tre strade diverse:
1. Compilazione da terminale ogni qualvolta tu debba inserire della musica. Quindi, da terminale, esegui:
`pdflatex mybook.tex
songidx titleidx.sxd titleidx.sbx
pdflatex mybook.tex`
2. Compilazione mista terminale/TeXworks. Fai partire pdflatex normalmente da TeXworks, poi passi al terminale e dai il secondo comando dei tre che ho scritto al punto 1, e poi ricompili normalmente da TeXworks
3. Compilazione in TeXworks. Presumo (proprio perché non so se sia possibile con TeXworks) che tu possa aggiungere delle modalità di compilazione nelle preferenze dell’editor. Quindi puoi creare un comando ad hoc che ti esegua il secondo comando e farlo eseguire da TeXworks. Ti basta quindi selezionare il comando giusto ogni volta dal menù a tendina e sei a posto!
Ciao
Fra