La risposta è la stessa per windows.
Se ai MiKTeX 2.8, questa distribuzione è vecchia e no prevede la sillabazione per l’italiano a meno che tu non l’attivi dal pannello di MiKTeX settings.
La distribuzione MiKTeX 2.9 è recente e nella sua versione completa prevede la sillababzione di tutte le 74 lingue che oggi il sistema TeX è capace di gestire; comunque anche la versione Basic si sistema dal pannel di MiKTeX Settings.
Visto che ci sei, e devi installare una nuova versione, ti consiglio di installare la varione TeX Live 2011, se non altro perché è più facile da tenere aggiornata. Ricorda che il sistema TeX viene aggiornato con correzioni oppure nuovi pacchetto quasi quoitidianamente; non è certo il caso che anche gli utenti aggiornino quotidianamente, ma MiKTeX non è mai cosi “up to date” come TeX Live. TeX Live di default viene installata completa, cosicché non avrai mai problemi di pacchetti mancanti.
Poi con LyX ti basta impostare nel preambolo \usepackage[italian]{babel} e la sillabazione del tuo documento non farà più una grinza.