Come dico sempre a tutti, prima lasci perdere LyX prima vivi felice.
Se avessi lavorato con un altro dei magnifici shell editor fatti apposta per usare LaTeX, sapresti con precisione quale è il pacchetto che chima graphics con una serie di opzioni diverse da quell richieste dagli altri pacchetti.
Ora è difficile risponderti, ma forse qualche diritta te la si può dare lo stesso.
Apri con un editor testuale diverso da LyX, da Word, da Writer,, un banale editor per testo non formattato il file log della tua tesi; dovrebbe avere il nome del file principale della tesi e l’estensione log e dovrebbe essere nella stessa cartella del file pricipale. Sempre che LyX non cancelli automaticamante i file di servizio dopo ogni compilazione.
Scorri il file log: vi sono registrati dentro parentesi tonde tuui i file che sono stati letti: dentro le tonde ci sono anche altri messaggi; se un file è stato letto da un altro file, che è stato eltto da un altro file,…, le parenesi tonde sono annidate, quindi potrebbe essere difficile scoprire dove finisce l’intervallo dei messaggi che si riferiscono ad un dato, file, ma solo perché la tonda chiusa è molte righe dopo la tonda aperta.
Armato di santa pazienza cerca dove appare il messaggio di errore dell’option clash.
Con l’aiuto delle parentesi tonde cerca di scoprire il nome del file che ha chiamato graphicx con le opzioni incompatibili.
Quando saprei quale è il pacchetto che ha eseguito quella chiamata, aprilo e vedi quali opzioni esso richieda da graphicx.
Allora avrai due scelte: o fai in modo di non usare pdfpages per importare file, ammesso che il colpevole sia pdfpages, oppure vai a cercare tutti i pacchetti che chiamano graphics e aggiungi le opzioni mancanti.
Non mi stupirei se da qualche parte LyX abbia chiamato un pacchetto con il driver pdftex e da qualche altra parte fosse stato chiamato il driver dvips; è chiaro che sono incompatibili; è altrettanto chiaro che se LyX compila con pdflatex (a) non deve chiamare nessun driver perché graphicx se lo sa caricare da solo senza bisogno di dirglielo e (b) il driver dvips non può essere usato come driver quando si compila con pdflatex — dvips serve quando si compila con latex per uscire in formato DVI, ma anche in quel caso graphics sa da solo quale driver caricarsi e non c’è bisogno di dirglielo.
Facci sapre; io sarei curioso di sapre da dove nasce questa option clash; le poche volte che è successo a me me la sono cavata al volo, ma, appunto, io non lavoro con LyX, anche se sul portatile l’ho montato, ma lo uso per cose diverse, non lo userei mai per comporre alcunché.