Come dico sempre, lascia perdere LyX; ti dà l’idea di presentarti il risultato finale sullo schermo, ma il riusltato finale sarà diverso; inoltre ti lega le mani, per esempio non puoi o non riesci a crearti le appendici;
Usa un qualunque editor “LaTeX friendly: te ne dico alcuni multipiattaforma: TeXworks, Texmaker, TeXstudio; sono tutti dotati del visualizzatroe interno per il file di uscita in formato PDF e ti consentono di passare dalla finestra del file sorgente a quella del file PGF, nel punto corrispondente, e viceversa, con un semplice click del mouse.
Allora vedi che anche toptesi ti consente di fare le appendici numerate come vuoi tu, semplicemente scrivendo [tt]\appendix[/tt] prima di iniziare a mettere i capitoli delle appendici. Vanno a finire nell’indice automaticamente alla seconda compilazione.