Per prima cosa non dovresti mai usare la codifica applemac; sul Mac impostati tutti gli edito in modo che usino una codifica non proprietaria, altrimenti le tue comunicazioni con gli altri (e con te stesso su macchine diverse) portano agli errori che di fatto incontri anche tu.
Nota che la codifica di input non serve solo per scrivere il file ma anche per registralo sul disco; dunque se l’hai scritto in utaf8 su linux, e copi ul file su una chiavetta e lo porti sul Mac, questo tel lo apre in MacRoman (applemac) e non ci capisci più niente a causa delle lttere non ASCII (lettere accentate o con diacritici, segni speciali eccetera); Se correggi tui quei segni con il Mac, poi salvi il file, lo copi sulla chiavetta e lo porti su Linux, succede l’opposto e continui a perdere tempo per cambiare codifica e correggere tutte le lettere accentate e gli altri segni indecifrabili.
La codifica UTF-8 (da specificare come utf8 come opzione di inputenc) è universale, quindi non dà nessun problema su nessuna macchina.
Fai come ti ha detto Enrico, anche se ci sarebbero dei mezzi per convincere certi editor a riconoscere la codifica dei file che vi vengono aperti. Questi metodi richiedono attenzione e in molti casi operazioni manuali che è facile sbagliare. La soluzione di Enrico dovrebbe risolverti ogni problema, anche se TeXShop del Mac qualche volta fa capricci; se usi le righe magiche di cui si è parlato in questa sede tante volte, anche TeXShop smette di fare capricci.
La riga magica da scrivere in testa al file tex per TeXShop è
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% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
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e, siccome si tratta di un commento, sia pure interpretabile da TeXShop, non disturba LaTeX nè l’editor che usi su Linux.