Tommaso, la RAM non è completamente disponibile per i programmi degli utenti, ma per una buona metà è occupata dai processi di sistema, dai programmi aperti e mssi da parte cliccando il bottoncino giallo della finestra e per altre cose che non sembrano dare fastidio, ma ci sono eccome.
Ma 8GiB è una schioppettata; se anche aumentassi la high memory di 10.000.000 parole, (invece che come 2.000.000, come fa context e come suggerì Enrico) quelli occuperebbero solo 40MiB di memoria; ricorda che 1MiB sono $2^{20}$ byte, mentre 1GiB sono $2^{30}$ byte. 40MiB sono un bicchierino da grappa rispetto alla grandezza della damigiana della tua RAM da 8GiB.
Inoltre il fatto che i tuoi disegni siano di 63mm di larghezza (e, supponiamo, siano quadrati) non vuole dire assolutamente niente per il disegno vettoriale; il disegno vettoriale differisce dalle immagini bitmap, proprio perché la sua occupazione di memoria è sostanzialmente la stessa, indipendentemente dalla dimensione del disegno; una bitmap contiene l’immagine completa già digitalizzata; un disegno vettoriale contiene solo le istruzioni di basso livello per disegnarlo; ci pensa poi il visualizzatore PDF (Anteprima, Skim, Adobe Reader, eccetera) a usare quelle istruzioni per creare l’immagine digitalizzata sullo schermo o sulla carta.
Se ti va in saturazione anche dopo aver allargato la memoria allora potrebbero esserci problemi che mi sfuggono e non riesco ad immaginare, ma potrebbe essere anche un certo calcolo, interno all’aritmetica di pgfplot, che va in loop infinito allocando nuova memoria ad un ciclo (è solo un esempio irreale, perché ciascuno di quei disegni viene eseguito correttamente; è la loro presenza simultanea che da problemi, se ho capito bene).
Certo che un \clearpage dopo ogni disegno, potrebbe risolvere il problema; se fosse così, allora più memoria alta e più memoria bassa potrebbero aiutare a trattenere in memoria più disegni contemporaneamente.
Ciao
Claudio