La cosa più probabile, secondo me, ma la mia sfera di cristallo è un po’ appannata, forse a suo tempo, avevi installato il pacchetto di MiKTeX che contiene il file di estensione ucs.sty; se ora non lo trova, vuol dire che lungo il nuovo path di ricerca non c’è.
Nota che se prima avevi la versione 2.8 e ora la versione 2.9, gli alberi dove sono installati sia i file binari eseguibili, sia i vari file di estensione, i file di clase, eccetra, sono tronchi diversi nati dalla stessa radice c:\Programmi\MiKTeX\ e proseguono uno con 2.8\miktex\ e l’altro con 2.9\miktex\
Perciò la tua vecchia versione, se non l’hai disinstallata completamente con gli appositi strumenti di Windows (dal pannello di controllo), potrebbe essere ancora lì, ma non è più accessibile perché il path incida in percoso che passa per la cartella 2.9.
Prova nel terminale a scrivere PATH e poi a premere “invio”; leggi il path che ne viene; è possibile che quello che ti ho descritto sia corretto.
In ogni caso ripulire al macchina della vecchia versione dovrebbe essere sempre possibile e utile perché liberi non pochi megabyte di disco, ma tutti i problemi svanirebbero se eseguissi l’installazione compelta. Meglio ancora se installasi TeX Live invece di MIKTeX; la distribuzione TeX Live c’è anche per Windows (inserisci la stringa texlive nella finestrina del motore di ricerca e potrai trovarlo facilmente). La distribuzione TeX Live ha la particolarità che viene aggiornato praticamante ogni giorno da un team di molte persone e il TeX Live Manager (tlmgr) che puoi usare a mano quando ti pare, ti aggiorna la tua distribuzione sempre con i pacchetti nuovi e quelli vecchi che hanno subito upgrade. Io aggiorno almeno ogni settimana, e ogni volta ci sono da 50 a 100 pacchetti aggiornati e/o nuovi da installare.