Secondo me la scelta più coerente sarebbe quella di apporre una lista dei software impiegati in calce al documento ma distina dalla bibliografia e fare riferimento ad essa.
Una scelta simile è del tutto coerente con quanto di solito accade con liste di altri “oggetti” (e.g. filmografia, dicografia) che possono essere richieste in alcune particolari pubblicazioni.
Ultimamente ho cominciato ad aggiungere nei testi che produco oltre alla bibliografia, ove necessario, una “dittiografia” nella quale referenzio i siti web, includendo anche la data di consultazione del sito. Questa scelta nasce dalla considerazione che nella bibliografia andrebbe inserito solo ciò che può essere consultato su carta in una biblioteca; inoltre è ragionevole pensare che una dittiografia scritta oggi, a differenza di una bibliografia, diventi rapidamente obsoleta è inutilizzabile (la volatitlità delle pagine web è estremamente alta) e quindi è bene tenere le due liste distinte.
P.S.
dittiografia è composto sul modello bibliografia da greco diktyon rete (da pesca) e – graphia.
La scelta di tale termine è personale e non so fino a che punto una scelta del genere sarebbe accettata in un testo ufficiale come può esselo una tesi di laurea.
Inoltre il termine è “in concorrenza” con il meno colto, e più ambiguo, sitografia e con un’altre neoformazione colta istografia (dal greco istos: tela, ragnatela).