Se spieghi meglio perché la soluzione dei symbolic link non ti soddisfa, forse posso capire meglio il tuo problema.
La soluzione è certamente più semplce e indolore che cambiare l’estensione a tutti i 1300 e passa file o a scrivere degli script iniziali come suggeriresti mel tuo messaggio e non vedo inconvenienti di sorta a creare una cartella virtuale nella cartelal del tuto file principlae mediante un symbolic link; è una operazione di qualche secondo una tantum e non da ripetere ogni volata che esegui i tuoi programmi.
Se non mi sono spiegato bene, ripeto: i tuoi 1300 e passa file si trovano tutti nella tua cartella ~/Bibbia. Compili il tuo documento il cui main faile si trova nella cartella ~/CitazioniBibliche. Apri il terminale e con qualche comando cd (cd
`
ln -s ~/Bibbia Bibbia
`
e poi dai
Detto questo ora la cartella simbolica Bibbia fa credere ai programmi di compilazione di TeX (tex, pdftex, xetex,luatex, eccetera) che i file che si trovano nella cartella simbolica siano subalterni alla cartella del tuo main file.
Ripeto: pochi secondi per creare ciascun link virtuale e sei a posto per sempre; e quando creerai una altro documento chil cui main si trova altrove, spenderai pochi secondi di nuovo per creare un’altra cartella simbolica in quella del tuo nuovo mainfile. Tutto questo senza spostare mai i file veri dal luogo dove si trovano, senza cambiare loro i nomi, senza trucchi e senza inganni. 🙂