Appunto; il master è codificato in ISO8859-1 e probabilmente inputenc ha l’opzione latin1; i file subalterni sono scritti con TeXstudio impostato di default per usare UTF-8, e sono salvati con quella codifica. Dunque quando lo inglobi con \input, pdflatex legge un file che crede essere scritto in latin1, mentre invece è scritto con un’altra codifica.
Per pdflatex quello che conta è l’opzione data a inputennc. Per TeXstudio quello che conta è la sua impostazione specificata nelle preferenze; come fare a risolvere? dipende: se vuoi mantenere i file subalterni separati devi copiarli dai file attuali e incollarli dentro file nuovi per i quali tu abbia preimpostato l’editor alla codifica ISO8859-1. Se non ti interessa tenerli separati, allora li puoi effettivamaente copiare e incollare nel file master.