Grazie a tutti per le risposte, finalmente ho capito cos’era successo!
Avendo già prodotto altri documenti in LaTeX per cui avevo scelto e configurato tutti i pacchetti che uso di solito, ho copia-incollato il preambolo e l’ho anche ricontrollato eliminando o aggiungendo pacchetti, ma non mi sono reso conto che la codifica di inputenc fosse incompatibile con la UTF-8 di default di TeXStudio. Ho capito anche come cambiarla dalle opzioni, ma non è più necessario: meglio che rimanga UTF-8. Ora tutto funziona come deve e \input fa il suo dovere (anche prima lo faceva, in effetti… -.-)
Anche se TeXStudio di default crea file in UTF-8, avendo io inserito latin1 come codifica nel file master, dopo la prima compilazione ho probabilmente “suggerito” al programma di impostare la codifica in ISO-8859-1 e da qui l’incompatibilità con i file UTF-8 inclusi, presumo.
Grazie!