Se avessi mandato un esempio minimo compilabile sarebbe stato meglio.
ho aggiunto la classe article, poi però \chapter non è definito; sei sicuro che stai usando la classe article?
il codice si compila benissimo se si tolgono gli errori che se si copia del codice da internet non è detto che chi l’ha scritto non abbia fatto altre modifiche o che l’abbia fatto giusto; per esempio il secondo argomento di \author non è standard, il che vuol dire che non va con la classe article e chi ha messo quel codice in rete l’aveva ridefinito in qualche modo che tu hai omesso. Evidentemente, inoltre, quella ridefinizione non è adatta a comporre il testo di \thanks.
Il codice corretto è il seguente:
`% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
\documentclass{article}
\makeatletter
\def\maketitle{%
\cleardoublepage
\thispagestyle{empty}%
\begingroup
\topskip\z@skip
\null\vfil
\begin{center}
\LARGE\bfseries \centering
\openup\medskipamount
\@title\par\vspace{24pt}%
\mdseries\@author\par
\vfill
%\includegraphics[height=1cm]{LogoPoli.png}
\end{center}\@thanks}
\makeatother
\title{Titolo di Prova}
\author{Autore\thanks{Facolt\`a di Filosofia Universit\`a}}%{0}
\begin{document}
\maketitle
\section{Primo}
\end{document}
`
[tt]\cleardoublepage[/tt] non produce errori, ma dubito che sia necessario con la classe article che di default scrive oneside, e con oneside \cleardoublepage non differisce da \clearpage; siccome poi il titolo va in testa alla prima pagina di un articolo, non c’è pericolo che ci siano già delle pagine in conda pronte per essere trasferite al file di uscita.
La prima riga è la riga magica che permette di sapere con quale codifica è stato registrato il file e permette a TeXShop e TeXworks di autoconfigurarsi per usare quella codifica.
Come vedi ho tolto il secondo argomento ad \author e ho aggiunto nella definzione di \maketitel il comando \@thanks, in fondo, che permette di stampare il testo di \thanks.
Raccomandazione: Copia codice da internet solo se sai che cosa stai facendo, e cioè se capisci ogni singola riga del codice e sei sicuro che i vari comandi facciano esattamente quello che dovrebbero fare in modo standard; se così non succede, non chiedere sul forum, ma segui le raccomandazioni che trovi nell’Arte di scrivere con LaTeX, cioè di rivolgerti a pacchetti di configurazione, tipo titlesec in questo caso, che sono in grado di ridefinire tutto nel modo corretto.
Per fortuna in questo caso le correzioni erano facilissime da apportare, ma spesso procedendo in questo modo, cioè copiando da internet, non lo sono affatto.