Piuttosto dai un’occhiata ai primi Warning: sembra che tu stia usando male i comandi del pacchetto hyperref.
Poi per le bad box, cercale sulla schermata del file composto in pdf e va a vedere come e quanto le righe sono mal riempite oppur sbordano nel margine perché sono troppo piene. Poi aggiusta il testo sorgente corrispondentmeente.
TeXworks chiude la finestra della console quando contiene solamente Warning e badbox; TeXMaker invece ti consente di vedere l’elenco di queste piccolezze.
In ogni caso tutto è registrato nel file .log che puoi sempre aprire sia con TeXmaker sia con TeXworks. Il comportamento dell’editor non ha nulla a che vedere con quello che fa pdflatex; può solo essere più o meno comodo per ottenere informazioni accessorie o veri messaggi d’errore.