Non so come aiutarti; bisogna proprio mettere le mani sui file che ti ritrovi nelle cartelle della distribuzione.
Se io fossi nei tuoi panni, cercherei diverse vie e comincerei a crearmi delle cpie di backup die vari updmap.cfg che hai sull’intero disco, segnandoti con precisione da quale cartella originale ciascuna è stata salvata. Poi userei tlmgr per ricreare le mappe; usa texdoc tlmgr per documentarti, ma occhio e croce con le prerogative di amministratore credo che dovresti fare qualcosa come tlmgr generate updmap da terminale, poi, sempre come amministratore dovresti eseguire updmap-sys, vai poi a cercare il fole pdftex.map, aprilo e vedi se sono elencati anche i tuoi font nofree. Se lo sono hai aggiustato il tutto; se non lo sono cerca le mappe di questi tuoi font e creati una updmap.cdf contenente solo queste mappe, e salva il file in
…/texlive/texmf-local/web2c/ ed esegui mktexlsr per aggiornare il database dei nomi dei file; poi riesegui updfmap-sys ricontrollando il suo log per vedere quali upfmap.cfg ha usato; se ha usato anche al tua updmap.cfg sei a posto, ma ricontrollare pdftex.map non guasta.
Se qualche altro ha avuto problemi simili ai tuoi e li ha risolti, batta un colpo, che fra tutti forse riusciamo a dare una mano a @samiel.