Non so se nonstomode si utile per biber che ancora non ho mai usato.
Sicuramente non userei quella sequenza con makeindex lì in mezzo; per l’indice analitico usa il pacchetto imakeidx che fa tutto da solo anche per indici multipli. e non devi preoccuparti di altro. Con texdoc imakeidx dato nel terminale leggi la documentazione.
Io seguirei la sequenza pdflatex, biber, pdflatex, pdflatex con nonstopmode, e modificherei il comando per la singola esecuzione di pdflatex con
pdflatex -interaction=errorstopmode -synctex=1 %.tex
Il simbolo % sta per il nome senza estensione del mainfile, se l’hai definito, o dell’unico file del tuo documento
La scrittura %.aux serve per operare sul file aux del main document o dell’unico file sorgente che hai già compilato una volta; bibtex e biber ne hanno bisogno perché nel file aux c’è l’elenco delle citazioni l menzione degli stili eccetera che pdflatex trasferisca dal tuo main file al programma di generazione del file bibliografico che contenga tutte e solo le citazioni che servono e nello stile richiesto.
Usa il bottone della compilazione veloce solo quando hai finito la composizione del documento e ti mancano solo gli ultimi ritocchi