Di sicuro le matrici pmatix che uso sono troppo grandi; le figure scalate con un fattore di scala 0,4 sono troppo grandi; devi rimpicciolire il font delle celle che contengono le matrici, dato e non concesso che debbano sempre avere tutte quelle righe e colonne di cui buona parte corrispondono ad elementi vuoti; le figure vanno scalate con una misura assoluta e non con un fattore di scala: per esempio width=20mm. devi togliere tutte quelle sequenze di righe bianche che costituiscono una fonte di warning inesauribile; devi evitare l’uso dell’ambiente figure per inserire la didascalia; ci sono altri modi per dare una didascalia a qualcosa che non sia nell’ambiente figure; devi fare una tabella unica e se davvero viene troppo lunga, usa l’ambiente longtable.
Meglio ancora, ripensa con attenzione a quello che vuoi mostrare e strutturalo meglio. Così come mi pare di capire che sia organizzato mostra molto spazio bianco, delle figure troppo grandi, e una struttura di difficile comprensione. Naturalmente questo giudizio discende dal fatto che non hai presentato un esempio minimo compilabile; se non puoi mostrarci le tue figure metti dei rettangoli o dei quadrati con le dimensioni che vuoi, ma per una esempio minimo compilabile ci vuole qualcosa che, come ha ben spiegato Ivan, si copi, si incolli in un file tex e si compili, senza dover indovinare quali pacchetti hai nel preambolo, quale giustezza e quale classe usi, eccetera.
Tuttavia ho il sospetto che riorganizzando la struttura del tuo materiale tu possa ottenere un risultato presentabile e comprensibile al tuo lettore.