Intanto da prof. universitario che ha seguito diverse centinaia di tesi in 50 anni di permanenza in servizio (ora sono in pensione), mi stupisco del tuo prof. che ti chiede di rendere la tua tesi il più simile possibile come stile grafico a quello di una casa editrice che non ha solo il copyright sul contenuto del testo stampato, ma anche sulla forma di quel testo. Posso fare delle ipotesi, ma mi astengo.
Detto questo dal codice che esponi, difficilmente riuscirai ad ottenere qualcosa di simile a quanto richiesto, tanto più che ci sono evidenti mancanze, come l’omissione di fontenc, che ti è già stata segnalata, e l’uso di un font vettoriale che ti assicuri una buona resa nel file PDF finale. Noto anche due \cleardoublepage consecutivi, intercalati solo da un cambio di stile di pagina. Cito solo quanto mi pare di avere visto con un primo colpo d’occhio. Per altro sono commessi anche altri errori citati fra i peccati che un utente di LaTeX non dovrebbe commettere (esamina il file contenuto nella tua distribuzione nella cartella …/doc/latex/l2tabu-italian/l2tabuit.pdf). In particolare disturba l’impostazione di \voffset, che non bisogna toccare mai per nessun motivo, e per l’impostazione di \evensidemargin e \oddsidemargin di pari valore (passi visto che componi oneside, perché? Tra l’altro perché non usi la classe book, che è più adatta della classe report?) ma di 20mm -4mm pari a 16mm, aggiunti ai 25,4mm (un pollice) di default, danno margini di circa 41 millimetri che, per una pagina di 16cm per 24cm, usano più di un quarto della larghezza della carta per il margine sinistro. Poi 11pt il corpo di default con un 13pt di avanzamento di riga normale, ma moltiplicato per il fattore 1.3, porta un avanzamento di riga effettivo di 17 pt — terribile! Sono sicuro che nel libro della Giuffré non è così.
Invece, venendo al tuo caso, non si capisce perché i tuoi \include non funzionino; prova a sostituirli con \input; se non funzionano nemmeno con \input, forse stai lavorando con una macchina e un sistema operativo che distingue le maiuscole dalle minuscole (per esempio Linux), quindi l’ortografia dei nomi dei file sembra la stessa, salvo le maiuscole o minuscole. Oppure non si trovano veramente nella stessa cartella. Oppure non hanno l’estensione .tex (l’estensione che \include e \input si aspettano quando non è indicata). Se lavori invece su una macchina il cui programma per mostrare i file (Explorer, Finder, eccetera) nasconde l’estensione, configura il tuo programma in modo da mostrare sempre l’estensione di tutti i file, sempre e senza eccezioni. Come farlo dipende dal sistema operativo. Oppure i file ci sono, ma sono vuoti. Che cosa dice il file log a proposito dei file immessi nel lavoro del documento?