In effetti come diceva Lapo la cosa migliore da fare è questa (la scrivo se può servire a qualcuno) :
Con GNUPLOT produrre un file in .EPS (basta impostare il terminale a EPSLATEX)
GNUPLOT produrrà due file: uno .EPS (l’immagine) e uno .TEX (le scritte intorno all’immagine, se ci sono).
Convertire , usando il programma EPS2PDF l’immagine .EPS in un file .PDF (il programma EPS2PDF richiede che sia installato il programma GhostScript)
Mettere il file .PDF prodotto e il file .TEX di prima nella cartella del progetto (per comodità)
Eventualmente accedere al file .TEX per cambiare il percorso di \includegraphics (bisogna passargli il percorso del file PDF oppure solo il nome semplice se si mettono nella stessa directory del progetto).
Nel documento latex inserire \input{FILE.TEX} dove FILE.TEX è il solito file di prima.
Se serve la didascalia bisogna mettere \input in una figure e procedere come al solito.
Il risultato è ottimo: niente sgranature o foschie sulle linee dei grafici.