Problemi con bibtex: found no citation commands

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  • #78730
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    Ciao, è la prima volta che scrivo su questo forum.
    Ho iniziato da poco ad usare latex (come editor uso texworxs) e da ieri sera sto cercando di risolvere un problema con la bibliografia.
    Ho caricato tutti i pacchetti del caso, creato il mio database .bib, compilato il documento con latex, con bibtex e poi di nuovo due volte con latex.
    Il problema è che nel documento finale non compare alcuna bibliografia e che al posto delle citazioni compaiono le etichette dei miei riferimenti bibliografici.
    Quando compilo con latex appaiono questi warnings:
    tesi.tex
    Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
    LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/tresch:compares’ on page 5 undefined on input line 58.
    LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/tresch:compares’ on page 13 undefined on input line 133.
    LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/clark:mergsyn’ on page 13 undefined on input line 134.
    LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/torres:subspec’ on page 13 undefined on input line 134.
    LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/mucelli:synmat’ on page 13 undefined on input line 134.
    LaTeX Warning: Empty bibliography on input line 35.
    LaTeX Warning: There were undefined references.
    Package biblatex Warning: Please (re)run Biber on the file: tesi and rerun LaTeX afterwards.

    quando compilo con bibtex appare:
    This is BibTeX, Version 0.99d (MiKTeX 2.9)
    The top-level auxiliary file: tesi.aux
    I found no \citation commands—while reading file tesi.aux
    I found no \bibdata command—while reading file tesi.aux
    I found no \bibstyle command—while reading file tesi.aux
    (There were 3 error messages)

    e compilando ancora con latex rimangono gli stessi warnigns…
    Ho cercato dappertutto una soluzione e ho visto che altre persone si sono trovate di fronte a questo problema, ma io ho fatto tutto quello che hanno fatto loro e il problema persiste…non so proprio come fare.

    IL codice sorgente che ho usato è questo:
    `% !TEX encoding = UTF – 8
    % !TEX program = pdflatex
    % !TEX spellcheck = it_IT

    \documentclass[a4paper, 12 pt]{book}
    \usepackage[T1]{fontenc}
    \usepackage[utf8]{inputenc}
    \usepackage[english, italian]{babel}

    \input{tesipackages}

    \begin{document}

    \tableofcontents

    \frontmatter

    \mainmatter
    \input{capitoli/cap1}
    \input{capitoli/cap2}
    \input{capitoli/cap3}
    \input{capitoli/cap4}

    \backmatter
    \cleardoublepage
    \phantomsection
    \addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
    \nocite{*}
    \printbibliography

    \end{document}`

    i pacchetti caricati sono:
    `
    % !TEX encoding = UTF – 8
    % !TEX program = pdflatex
    % !TEX spellcheck = it_IT

    %pacchetti base
    \usepackage{etoolbox}

    \usepackage[babel]{csquotes}
    \usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=biber]{biblatex}

    \bibliography{bibliografia}
    \usepackage{hyperref}
    \usepackage[output – decimal-marker ={,}]{siunitx}
    \usepackage{times}
    \usepackage{graphicx}
    \graphicspath{immagini}
    \usepackage{caption}
    \usepackage{subfig}
    \usepackage{float}
    \usepackage{appendix}
    \usepackage{booktabs}
    \usepackage{longtable}
    \usepackage[dvipsnames,usenames]{color}
    \usepackage{indentfirst}
    \usepackage{amsmath,amssymb}
    \usepackage[italian]{varioref}
    \usepackage{microtype}
    \usepackage{array}
    %impostazioni personali
    \captionsetup{format=hang,labelfont={sf,bf}, font=small}
    \usepackage[a4paper,top=3cm,bottom=3cm,left=4cm,right=3cm]{geometry}
    \usepackage{setspace}
    \onehalfspacing
    \usepackage{fancyhdr}
    \pagestyle{fancy}
    \renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
    \fancyhead[LO,RE]{}
    `

    per le citazioni ho usato \cite{bibliografia/etichetta}
    dove bibliografia è la cartella contenente il mio file .bib. ho provato anche semplicemente con \cite{etichetta} ma il problema è identico.
    il mio database bibliografico è questo:
    `

    @article{clark:mergsyn,
    author = {Clark, D.J. and Ting, L.H. and Zajac, F.E. and Neptune, R.R. and Kautz, S.A.},
    title = {Merging of healthy motor modules predicts reduced locomotor performance and muscle coordination
    complexity post-stroke},
    journaltitle = {J Neurophysiol},
    number = {103},
    pages = {844-857},
    date = {2010}
    }

    @article{cheung:cortdamage,
    author = {Cheung, V.C.K. and Turolla, A. and Agostini, M. and Silvoni, S. and Bennis, C. and Kasi, P. and Paganoni, S. and Bonato, P. and Bizzi, E.},
    title ={Muscle synergy patterns as physiological markers of motor cortical damage},
    journaltitle = {PNAS},
    volume = {109},
    number ={36},
    pages = {14652-14656},
    date = {2012}
    }

    @article{avella:shared,
    author = {d'Avella, A. and Bizzi, E.},
    title = {Shared and specific muscle synergies in natural motor behaviors},
    journaltitle = {PNAS},
    volume = {102},
    number = {8},
    pages = {3076-3081},
    date = {2005}
    }

    @article{neptune:modular,
    author = {Neptune, R.R. and Clark, D.J. and Kautz, S.A.},
    title = {Modular control of human walking: a simulation study},
    journaltitle = {Journal of Biomechanics},
    number = {42},
    pages = {1282-1287},
    date = {2009}
    }

    @article{avella:comb,
    author ={d'Avella, A. and Saltiel, P. and Bizzi, E.},
    title ={Combinations of muscle synergies in the construction of a natural motor behavior}
    journaltitle = {nature neuroscience},
    volume = {6},
    number = {3},
    pages = {300-308},
    date = {2003}
    }

    @article{tresch:compares,
    author = {Tresch, M.C. and Cheung, V.C.K. and d'Avella, A.},
    tilte = {Matrix factorization algorithms for the identification of muscle synergies: evaluation on simulated and experimental data sets},
    journaltitle = {J Neurophysiol},
    number = {95},
    pages ={2199-2212},
    date = {2006}
    }

    @article{lee:nmf,
    author = {Lee, D.D. and Seung, H.S.},
    title = {Learning the parts of objects by non-negative matrix factorization},
    journaltitle = {Nature},
    volume = {401},
    pages = {788-791},
    date = {1999}
    }

    @article{lee:algo,
    author = {Lee, D.D. and Seung, H.S.},
    title = {Algorithms for non-negative matrix factorization},
    journaltitle = {Neural Inform Proc Syst},
    number = {13},
    pages = {556-562},
    date = {2001}
    }

    @article{tresch:forandagainst,
    author = {Tresch, M.C. and Jarc, A.},
    title = {The case for and against muscle synergies},
    journaltitle = { Curr Opin Neurobiol},
    number = {19},
    pages = {601-607},
    date = {2009}
    }

    @article{bizzi:comb,
    author = {Bizzi, E. and Cheung, V.C.K. and d'Avella, A. and Saltiel, P. and Tresch, M.C.},
    title = {Combining modules for movement},
    journaltitle = {Brain Res Brain Res Rev},
    number = {57},
    pages = {125-133},
    date = {2008}
    }

    @article{mucelli:synmat,
    author = {Mucelli, S. and Boye, A.T. and d'Avella, A. and Farina, D.},
    title = { Identifying representative synergy matrices for describing muscular activation patterns during multidirectional reaching in the horizontal plane},
    journaltitle = {J Neurophysiol},
    number = {103},
    pages = {1532-1542},
    date = {2010}
    }

    @article{torres:subspec,
    author = {Torres-Oviedo, G. and Ting, L.H.},
    title = {Subject-specific muscle synergies in human balance control are consistent across different biomechanical contexts},
    journaltitle = {J Neurophysiol},
    number = {103},
    pages = {3084-3098},
    date = {2010}
    }
    `

    grazie in anticipo
    Debora

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    • #78731
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      Se compili con BibTeX devi modificare
      `usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=biber]{biblatex}
      `

      in
      `usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}
      `

      e funziona tutto.

      PS: mi sembra che alla riga 47 del file bibliografico ci sia un errore nell’entry @article{avella:comb ci vuole una virgola dopo titolo.

      A presto,
      Matteo

    • #78732
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      Ciao Matteo,
      grazie, non mi ero accorta della virgola mancante 😉
      però anche facendo come mi hai detto non funziona:(
      scrivendo
      `\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}`
      appare un errore: LaTeX Error: File `b.sty’ not found.
      in realtà avevo già provato a fare:
      `\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}`
      e compaiono comunque dei warnongs:

      tesi.tex
      Package biblatex Warning: Data encoding is ‘utf8’. Use backend=biber.
      Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
      LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/tresch:compares’ on page 5 undefined on input line 58.
      LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/tresch:compares’ on page 13 undefined on input line 133.
      LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/clark:mergsyn’ on page 13 undefined on input line 134.
      LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/torres:subspec’ on page 13 undefined on input line 134
      LaTeX Warning: Citation ‘bibliografia/mucelli:synmat’ on page 13 undefined on input line 134
      LaTeX Warning: Empty bibliography on input line 35.
      LaTeX Warning: There were undefined references.
      Package biblatex Warning: Please (re)run BibTeX on the file(s): tesi and rerun LaTeX afterwards.

      ma forse ho interpretato male il tuo consiglio? purtroppo è tutto nuovo per me…
      grazie
      Debora

    • #78733
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      il codice corretto è, come hai detto:

      `\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}`

      i caratteri ‘b’ tra parentesi quadra che trovi nel mio messaggio erano un tentativo di mettere in grassetto il suggerimento.

      Il primo warning riguarda il pacchetto fancyhdr e dice semplicemente che lo spazio per le testine è troppo piccolo, gli altri warnings dovrebbero risolversi ricompilando con bibtex e poi ricompilando con pdflatex.

      A presto,
      Matteo

    • #78734
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      ::

      teomat” post=77815il codice corretto è, come hai detto:

      `\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}`

      i caratteri ‘b’ tra parentesi quadra che trovi nel mio messaggio erano un tentativo di mettere in grassetto il suggerimento.

      Il primo warning riguarda il pacchetto fancyhdr e dice semplicemente che lo spazio per le testine è troppo piccolo, gli altri warnings dovrebbero risolversi ricompilando con bibtex e poi ricompilando con pdflatex.

      A presto,
      Matteo

      purtroppo non il problema persiste…l’unica differenza è che dopo aver provato backend=bibtex ottengo un errore e se sostituisco backend=biber come suggerito dall’avviso d’errore e ricompilo tutto con pdflatex bibtex e pdflatex X2 mi si apre una finestra con il file tesi.bbl e compare un errore (che però non impedisce la compilazione) che dice qualcosa su un comando \lossort o simile…l’ho fatto tre volte, l’ultima volta il file tesi.bbl era addirittura vuoto…boooooo

      cmq grazie mille per la disponibilità e scusa per il disturbo 🙂
      Debora

    • #78735
      admin
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        ::


        Se usi biber come backend devi scrivere

        \addbibresource{bibliografia/[tt][/tt].bib}

        al posto di
        `\bibliography{bibliografia}`
        e le citazioni si ottengono semplicemente con [tt]\cite{}[/tt].

        Ciao
        Orlando

      • #78736
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        ::

        ansys” post=77818Se usi biber come backend devi scrivere

        \addbibresource{bibliografia/[tt][/tt].bib}

        al posto di
        `\bibliography{bibliografia}`
        e le citazioni si ottengono semplicemente con [tt]\cite{}[/tt].

        Ciao
        Orlando

        Ciao Orlando, ho provato a fare come mi dici, ma la situazione è rimasta la stessa…
        Spero di non fare una figuraccia, ma quando compilo il documento devo sempre fare i passaggi:
        pdflatex
        bibtex
        pdflatex
        pdflatex?
        Io ho fatto sempre così e ottengo lo stesso risultato (e gli stessi warnings) si quando uso
        `\bibliography{bibliografia}`.
        non ho ben capito cosa significa il fatto che come backend ci sia biber…
        grazie mille Debora

      • #78737
        admin
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          Debora” post=77820

          Se usi biber come backend devi scrivere

          [pre]\addbibresource{bibliografia/[tt][/tt].bib}[/pre]
          al posto di
          `\bibliography{bibliografia}`
          e le citazioni si ottengono semplicemente con [tt]\cite{}[/tt].

          Ciao
          Orlando

          Ciao Orlando, ho provato a fare come mi dici, ma la situazione è rimasta la stessa…
          Spero di non fare una figuraccia, ma quando compilo il documento devo sempre fare i passaggi:
          pdflatex
          bibtex
          pdflatex
          pdflatex?
          Io ho fatto sempre così e ottengo lo stesso risultato (e gli stessi warnings) si quando uso
          `\bibliography{bibliografia}`.
          non ho ben capito cosa significa il fatto che come backend ci sia biber…
          grazie mille Debora

          Nessun problema. Facciamo le cose semplici: compila questo file (chiamalo come vuoi)
          `\documentclass{book}

          \usepackage[style=numeric-comp,useprefix,backend=biber]{biblatex}
          \addbibresource{bibliografia/biblio.bib}

          \begin{document}

          \cite{avella:shared}

          \nocite{*}
          \printbibliography

          \end{document}`
          con:
          1. pdflatex
          2. biber (che non è bibtex), il programma esterno che serve per la bibliografia, il cosiddetto backend
          3. pdflatex

          Metti i record bibliografici in un file chiamato biblio.bib nella cartella bibliografia (sto cercando di simulare la tua situazione).

          Ciao
          Orlando

        • #78738
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          ::


          Due soluzioni (non mischiare i parametri!)
          a) BIBTEX
          -\bibliography{bibliografia}
          -\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}
          -compilazione: pdflatex – bibtex – pdflatex

          b) BIBER
          -\addbibresource{bibliografia/.bib} al posto di \bibliography{bibliografia}
          -\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=biber]{biblatex}
          -compilazione: pdflatex – biber – pdflatex

          Che editor usi? Come inserisci le citazioni?
          A presto,
          Matteo

        • #78739
          admin
          Amministratore del forum
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            teomat” post=77823Due soluzioni (non mischiare i parametri!)
            a) BIBTEX
            -\bibliography{bibliografia}
            -\usepackage[style=numeric-comp,useprefix,hyperref,backend=bibtex]{biblatex}
            -compilazione: pdflatex – bibtex – pdflatex

            Se ho capito bene, il file dei record sta in una cartella chiamata bibliografia, quindi dovrebbe essere del tipo \bibliography{bibliografia/}. Anche questa risposta dovrebbe essere valida.

            Ciao
            Orlando

          • #78740
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            Come editor uso Texworks.
            Comunque, il problema principale è che con bibtex come backend mi compare questo warning:
            Package biblatex Warning: Data encoding is ‘utf8’. Use backend=biber.

            Quindi io metto biber e cambio
            \bibliography{bibliografia}“
            o un alternativo (dato che il database e la cartella che lo contengono si chiamano entrambi così)
            `\bibliography{bibliografia/bibliografia}`
            con
            `\addbibresource{bibliografia/bibliografia.bib}`.

            Però continuo a compilare con bibtex e quindi non va bene…ma questo biber dove lo trovo??
            grazie mille per la disponibilità e scusate l’ignoranza 🙂
            Debora

          • #78741
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            ok niente…ho trovato Biber e ora provo con quello vi farò sapere. grazie ancora per le chiarificazioni, sono state preziose
            Debora:smile:

          • #78742
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            Ho risolto! Il problema era proprio che continuavo a compilare con bibtex quando avrei dovuto usare biber. solo che non sapevo cosa fosse questo biber:oops:
            comunque grazie mille dei consigli e soprattutto del vostro tempo 🙂
            Debora

          • #78743
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            ho un problema analogo solo che se metto solo

            `\usepackage[style=numeric]{biblatex}`
            mi dice “No backend specified,using Biber backend”

            se metto`\usepackage[style=numeric,backend=bibtex]{biblatex}
            `
            mi dà errore “! LaTeX Error: Option clash for package biblatex.”

            Premetto che il file “bibliografia.bib” ce l’ho nella cartella “Bibliografia”
            [attachment=977]tesi.tex[/attachment]

            P.S. Uso Latex per compilare e poi vorrei usare Bibtex che è compreso in TexMaker…

            Attachments:
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          • #78744
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            ok bisognava cambiare l’impostazione a Texmaker.per ora compila ma non compare la bibliografia…dice che è vuota…eppure ho messo

            `\backmatter
            \cleardoublepage
            \phantomsection
            \addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
            \nocite{*}
            \printbibliography`
            nel document

            e il file di intro è
            `\chapter{Spettroscopia di emissione} \label{chap:intro}

            \section{Principi teorici}\label{sec:princ_teor}

            La spettrocopia è quella parte della fisica che studia gli spettri luminosi e le radiazioni elettromagnetiche emesse da . Nel nostro

            Citando direttamente dal vocabolario ~\cite{Treccani:Enciclopedia} la spettroscopia è quella parte della fisica che ha per oggetto la produzione, l’analisi e l’interpretazione dello spettro delle radiazioni elettromagnetiche, acustiche, elettroniche, corpuscolari, ecc.: s. d’emissione, che si occupa delle radiazioni emesse da una sorgente (e quindi dello spettro d’emissione di questa), e s. d’assorbimento, che si occupa degli spettri (denominati spettri d’assorbimento) ottenuti facendo passare un fascio di radiazioni note attraverso una sostanza. S. ottica, in senso lato, quella parte della spettroscopia che ha per oggetto lo spettro delle radiazioni elettromagnetiche di lunghezza d’onda compresa tra 1 mm e 1 picometro (cioè quella fascia che va dalle radioonde ai raggi X), distinguibile in s. ottica propriamente detta (o s. della luce o del visibile), che si occupa delle radiazioni comprese nel campo visibile, e s. a microonde, operante nel campo delle microonde con tecniche quasi esclusivamente di assorbimento, le cui applicazioni più importanti riguardano lo studio delle proprietà delle molecole, in partic. la determinazione dei legami, l’analisi isotopica e lo studio delle rotazioni interne in molecole organiche; ancora, a seconda della lunghezza d’onda della radiazione, s. a raggi X, dell’infrarosso, dell’ultravioletto, delle radioonde. S. atomica, molecolare, nucleare, sub-nucleare, studio delle proprietà degli atomi, delle molecole, dei nuclei e delle particelle attraverso la loro analisi spettrale, che mette in relazione le righe di assorbimento e di emissione ai livelli energetici degli oggetti in esame: la spettroscopia ottica è lo strumento principale della fisica atomica, consentendo lo studio dei livelli energetici degli atomi con tecniche sperimentali piuttosto semplici. S. elastica, applicata a sorgenti di onde elastiche e, in partic., s. acustica, a sorgenti di onde sonore: vi si ricorre per studiare le proprietà elastiche e strutturali di sostanze materiali o anche, nel campo tecnico, per prove non distruttive di materiali o di manufatti.`
            cioè almeno una citazione c’è…
            la mia bibliografia è
            `@Misc{Treccani:Enciclopedia,
            editor= {Enciclopedia Treccani},
            title = {Enciclopedia Treccani},
            date = {2014},
            url = {http://www.guit.sssup.it/}
            }
            `

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