Se per paragrafo intendi \section (come vorrebbe il correto uso della lingua italiana) allora non so dirti perché il tuo LaTeX abbia smesso di numerarti i paragrafi. Prima li numerava? Prima che smettesse di numerarli hi caricato qualche nuovo pacchetto, hai impostato qualche contatore? hai scritto per sbaglio \setcounter{secnumdptth}{-1}?(in questo cadso avrebbe smesso di numerare anche i capitoli); \hai comunuqe per sbaglio impostato il contatore [tt]secnumdepth[/tt] ad un valore inferiore ad 1? Come vedi di domande possibili che potresti farti ,e di cui solo tu conosci le risposte, ce ne sono molte.
Se per paragrafo usi l’accezione inglese \paragraph, che in italiano si chiama capoverso, allora so per certo che di default i capoversi non vengono numerati, anche se si usa il comando \paragraph con il suo titolo. Per numerare i capoversi (follia pura) bisogna impostare il contatore [tt]secnumdepth[/tt] come ti ha detto @Fran; se poi metti il numero 5, invece di 4, numeri anche i sotto capoversi 😯
Che cosa voglia dire il resto della tua domanda è un mistero, come ti ha già detto @Fran. Sei sicuro di stare usando correttamente i comandi \label e \ref per rendere correttamente i riferimenti incrociati?