Primo: non lavorare con le immagini eps. Matlab può esportare in pdf e alla peggio devi eseguire a mano il programmino pdfcrop per scontornare quanto Matlab ti produce. Se anche Matlab non ne fosse capace, qualunque versione recente di pdfLaTeX o di XeLaTeX è in grado di gestire le immagini eps, perché eventualmente lancia automaticamente in background il convertitore eps2pdf per trasformarle in pdf e le smargina correttamente a filo del loro contenuto in modo che abbiano il bounding box corretto.
Secondo: certo che con le opzioni di \includegaphics puoi fissare sia la larghezza che l’altezza di ogni immagine, e in particolare le puoi fissare tutte uguali; ma così facendo, se i fattori di scala risultano diversi in verticale e in orizzontale, l’immagine si deforma; per dei grafici non dovrebbe essere una inconveniente importante, ma si deformano anche le eventuali scritte contenute nei grafici, cosicché sembrano composte con font diversi e la cosa non è bella per niente.
Vedi dunque che gli inconvenienti ci sono e e non sono da poco. Certamente sarebbe più bello se questi grafici fossero tutti delle stesse dimensioni, ma non è obbligatorio; l’unico caso in cui cercherei di ottenere questa uguaglianza sarebbe se dovessi mettere dei grafici affiancati. Non me ne preoccuperei negli altri casi.
Non ti so dire come fare in Matlab a fare uscire i grafici delle stesse dimensioni, perché se dovessi fare dei grafici li farei con TikZ e/o pgfplots; ma queste sono questioni di preferenze personali.