quando estrai da .bib il file .bbl (ciò quando unisci le informazioni di ciò che hai citato con i riferimenti del database bibliografico per produrre ciò che \printbibliography dovrebeb presentare nel file pdf finale, hai due possibilità: quella di usare il vecchio programma bibtex e quella di usare il nuonvo programma biner.
Di default biblatex chiede che si usi biber;, a se non lo si vuole usare bisogna che fra le opzioni indicate nella chiamata a biblatex sia indicata anche l’opzione [tt]backend=bibtex,[/tt] oltre alle altre opzioni.
Direi che hai due possibilità:
1) aggiungi quell’opzione e vivi felice;
2) non aggiungi quell’opzione, ma configuri il tuo editor i modo che quando schiacci il bottone BibTeX (oppure Bibliografia, o quant’altro per lanciare i compositore bibliografico) venga usato biber invece di bibtex.