Be’, nel frattempo puoi continuare ad usare pdflatex, convertendo e smarginando prima le figure eps che ti ritrovi a dover inserire; non devi snaettare il sistema (per altro seguendo le indicazioni di texlive-ubuntu, non devi fare assolutamente niente sulla versione Debian di TL; se vuoi segui i link che ti ha dato Elrond per simulare la presenza della TL/Debian in modo da poterla rimuovere e liberare spazio su disco, ma non è necessario in senso assoluto).
Per convertire puoi usare gv che hai sicuramente sul tuo Ubuntu; usalo come interfaccia grafica per fare un semplice editing del bounding box e per convertire in pdf.; apri il file eps con gv; con il mouse disegni il bounding box in modo che sia praticamente tangente alla parte disegnata; applichi questa impostazione del bounding box; salvi in pdf. Semplice, no? ma purtroppo lo devi ripetere per ogni figura, consumandoci una decina di secondi per ogni figura 😉