Non usare texify.
Compila pure con TeXworks cliccando sul bottone verde in alto a sinistra e dopo avere scelto XeLaTeX come motore di composizione; se TeXworks va alla fine, allora puoi poi fare andare makeindex e bibtex (incidentalmente se carichi il pacchetto imakeidx invece di makeindex nel preambolo del tuo documento. pdflatex ti esegue da solo makeindex e ti compone l’indice analitico in un solo colpo. Bibtex invece devi farlo andare a mano.
Comunque non andare al passo successivo se il paso precedente non è andato a buon fine.
Se pi hai scaricato il tuo template da qualche parte, indicaci il sito web, così ci possiamo provare anche noi e vedere magari che cosa non va nel template, se c’è qualcosa che non va lì.
Se nelle istruzioni del template c’è scritto di usare MiKTeX 2.8 è perché quando il template è stato preparato MiKTeX 2.8 era il massimo disponibile allora. Oggi c’è MiKTeX 2.9 che è sul pacoscenico da almeno 5 anni… Dimenticati diella versione 2.8 e casomai installa la versione.2.9. E visto che ci sei, non installare nemmeno la 2.9, ma installa TeX Live: le istruzioni sono sul testo L’Arte di scrivere con LaTeX che ti è già stato consigliato.