Lunghi tempi di compilazione con PGFPLOTS

Ciao,
Benvenuto sul forum!

Io avrei fatto un file per ogni grafico inserendo nel documento principale il risultato come immagine.
Il file singolo del grafico dovrebbe essere basato sulla classe standalone, così da ottenere il risultato già scontornato, e dovrebbe caricare lo stesso font usato nel documento principale.
Ma mi pare che nel tuo codice ci sia una parentesi graffa } di troppo in \addlegendentry, forse è per questo che non ti funziona l’esternalizzazione.

Molto simpatico sarebbe elaborare in modo automatico i sorgenti per sostituire tutti gli ambienti pgfplots con \includegraphics e creare parallelamente il sorgente singolo del grafico.
Si può fare facilmente con un linguaggio di scripting.
Saluti.
R.

tornio” post=81972Buongiorno a tutto il forum,

recentemente mi sono trovato a scrivere documenti contenenti numerosi grafici e ho di conseguenza iniziato ad utilizzare il pacchetto pgfplots date le sue caratteristiche ottimali e di inserimento nel testo. La maggior parte dei grafici che devo inserire sono curve calcolate con programmi esterni (come Python o Matlab). Il metodo che ho fin qui utilizzato era di salvare tutti i dati rilevanti in file di testo e poi inserire una figura nel seguente modo:

`
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}
\addplot[thick,color=blue] table [x index=0, y index=2, header=false]
{data/file.txt};
\addlegendentry{$\angle \theta}$}
\end{axis}
\end{tikzpicture}
`

Naturalmente, con l’aumentare dei numero di grafici nel documento, i tempi di compilazione diventano man mano sempre piu’ lunghi fino a diventare inaccettabili se per esempio si volesse scrivere una tesi o un libro. Per prima cosa ho cercato di ottimizzare, riducendo il numero di punti della curva ad esempio. Questo pero’ non risolve il problema.

La soluzione sarebbe quella di compilare la figura in un file PDF la prima volta e poi di aggiungere questo file per le successive compilazioni. A riguardo ho trovato alcune guide che consigliano di inserire queste istruzioni nel preambolo:

`
\usepackage{pgfplots}
\usetikzlibrary{external}
\tikzexternalize[prefix=tikz/]
`

e poi, opzionalmente, l’istruzione
`\tikzsetnextfilename{nome_figura}` prima della figura da inserire.

Purtroppo, compilando con pdflatex, ho vari errori e non riesco ad ottenere il risultato sperato.

Nessuno di voi ha esperienza con l’esternalizzazione delle figure con PGFPLOTS?

Vi ringrazio in anticipo per ogni vostro commento e aiuto.

Io e Lorenzo abbiamo avuto lo stesso problema quando abbiamo scritto l’articolino su PGFPlots e ancora di più quando ne abbiamo fatto un capitolo per l’Arte. Addirittura la composizione si bloccava con la bella notizia che la memoria totale era stata superata. Abbiamo risolto aumentando a mano la memoria di TeX.

Per quanto riguarda i tempi di composizione, credo che non ci sia nulla da fare: L’arte di scrivere con LaTeX è un libro di 250 pagine. Dopo aver aumentato la RAM sul mio Mac a 8 GiB, la composizione senza il capitolo sui grafici dura 23 secondi. Con il capitolo sui grafici va oltre i due minuti.

Ciao
Tommaso

Ciao,
ho fatto una prova ed ha funzionato alla perfezione. Mi è bastato solo leggere il manuale di pgf (lo puoi aprire al volo dando in console il comando texdoc pgf), alla pagina 343, capitolo 32.
Ti riporto un codice di esempio minimo:
`\documentclass{article}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{siunitx}
\usetikzlibrary{external}
\tikzexternalize % activate !

\usepgflibrary{arrows}

\begin{document}
Qui abbiamo due grafici tratti dall'articolo su pgfplots di De Marco/Giacomelli apparso su ArsTeXnica. Il primo grafico della figura~\ref{plotOne} è una funzione interessante, come anche il grafico della figura~\ref{plotTwo}.

\begin{figure}
\centering
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
% etichette del grafico
title={La funzione $y=\sin^2 x$},
xtick={1.5708,3.1416,4.7124,6.2832},
xticklabels={$\frac{\pi}{2}$,
$\pi$,$\frac{3\pi}{2}$,$2\pi$},
ytick={0.5,1},yticklabels={$1/2$,$1$},
grid=major,
% dominio 2D
domain=0:2*pi,
xmin=0,xmax=6.85,
ymin=0, ymax=1.2,
samples=100,
% assi
axis x line=bottom,
axis y line=left,
every outer x axis line/.append style=
{-open triangle 90},
every outer y axis line/.append style=
{-open triangle 90},
% dimensioni tela
width=8cm, height=4.5cm,
clip=false
]
\addplot {sin(deg(x))^2};
\node at (axis description cs:0,-0.125) {$0$};
\node at (axis description cs:0.98,-0.15) {$x$};
\node at (axis description cs:-0.06,0.95) {$y$};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\caption{Una funzione per lo studio di funzione.}
\label{plotOne}
\end{figure}

\begin{figure}
\centering
\begin{tikzpicture}
% defining personal drawing style
\pgfplotsset{sl/.style={line width=1pt}}

\begin{axis}[
% etichette del grafico
tick label style={font=\scriptsize},
xlabel={$T$ (s)},
ylabel={$S_e/g$},
xtick={0,0.5,…,3.0},
grid=major,
% linee di plottaggio
no markers,
% dominio 2D
smooth,
xmin=0, xmax=3.00,
ymin=0, ymax=0.55,
% dimensioni tela
width=13cm,
height=8cm,
% variabile nelle espressioni: periodo T
variable=\T
]

\newcommand\spettro[6]{
\addplot
{#2*1.10*#3*(T/#4+(1/#3)*(1-T/#4))}
(current plot end)–(100*#5,1000*#2*1.10*#3);
\fill (current plot end) circle [radius=0.5pt];
\addplot {#2*1.10*#3*#5/T};
\fill (current plot begin) circle [radius=0.5pt];
\addplot {#2*1.10*#3*#5*#6/T^2};
\fill (current plot begin) circle [radius=0.5pt];
}

\spettro{red}{0.19475}{2.379}{0.099}{0.298}{2.379}% slc
\spettro{blue}{0.15182}{2.402}{0.096}{0.289}{2.207}% slv
\spettro{orange}{0.06107}{2.484}{0.084}{0.251}{1.844}% sld
\spettro{green}{0.04873}{2.462}{0.080}{0.239}{1.795}% slo

% legenda
\legend{\textsc{slc},,,
\textsc{slv},,,
\textsc{sld},,,
\textsc{slo},,,}
% add text info
\draw (axis cs:2.5,0.53) node

{\scriptsize Sito: Carrara (MS)};
\draw (axis cs:2.5,0.50) node

{\scriptsize Latitudine $\varphi=\ang{44;5;4}$};
\draw (axis cs:2.5,0.47) node

{\scriptsize Longitudine $\lambda=\ang{10;6;16}$};
\draw (axis cs:2.5,0.44) node

{\scriptsize Categoria di suolo: A};
\draw (axis cs:2.5,0.41) node

{\scriptsize Categoria topografica T3 ($S_\mathrm{T}=1{,}10$)};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\caption{Uno spettro per la progettazione antisismica.}
\label{plotTwo}
\end{figure}

\end{document}
`

Il codice va compilato con l’opzione -shell-escape: apri una finestra di console (o di terminale), imposta la directory di lavoro a quella dove conservi il sorgente con il comando cd nomedir, poi dai il comando pdflatex -shell-escape nomesorgente.
A questo punto vengono creati i singoli file pdf che vanno rigenerati solo se cambiano allo stesso modo.
Nelle compilazioni successive, invece di eseguire il codice dei grafici, verrà eseguito quello per inserire il file pdf corrispondente come immagine.
Ti segnalo che se non ti sono chiari i modi per dare i comandi da console, basta leggere (rapidamente) la guida tematica alla riga di comando, di un noto autore. Lì è spiegata anche la questione dell’opzione -shell-escape.
In pratica, questa libreria di TikZ fa quello che intendevo quando ti ho parlato di uno script automatico, ma senza alterare il file sorgente.
Un saluto.
R.

La questione è che con la libreria [tt]external[/tt] devi compilare con l’opzione [tt]-shell-escape[/tt] e non solo con [tt]pdflatex[/tt]. Altrimenti non funziona e non c’è storia. Poi si può discutere sulla metodologia migliore per ridurre i tempi di compilazione, ma è un discorso diverso.

Restando sulla libreria [tt]external[/tt] prima, il tuo file [tt]test.tex[/tt] deve essere compilato così:`pdflatex -shell-escape test.tex` se nel preambolo si è caricata la libreria. Ti consiglio vivamente di specificare il path in cui verranno salvate le figure: vedo che lo fai già, ma potresti anche usare: `\tikzsetexternalprefix{tikz/}` Secondo me la macro apposita richiama meglio il compito che svolge rispetto al passare le opzioni alla macro generale. Ma è una sottigliezza. Un’altra cosa molto consigliata è: `\tikzset{external/force remake}` che permette di sovrascrivere le immagini ogni volta che compili come detto in precedenza. Nota: devi compilare con l’opzione [tt]-shell-escape[/tt] ad ogni grafico/figura nuova, ma se hai sempilcemente scritto del testo non c’è il caso: compila solo con `pdflatex test.tex` Infatti le tue immagini vengono trattate come se fossero inserite con [tt]\includegraphics[/tt]. E risparmi un sacco di tempo, infatti la compilazione “lunga” ti si presenta solo quando le immagini devono essere elaborate, cosa che avviene solo quando compili con l’opzione [tt]-shell-escape[/tt].

Il trucco di aumentare la memoria è molto utile in quanto ti permetterebbe di evitare la libreria e di conseguenza la necessità di compilare in quel modo particolare. Tuttavia ha dei limiti: con molti grafici non c’è proprio speranza perciò è necessario ricorrere all’esternalizzazione. Nella mia tesi ho fatto così. Ad onore di cronaca, c’è un secondo paletto che può bloccare anche il workaround della libreria: quando un grafico ha veramente tanti, ma tanti campioni, neppure l’esternalizzazione funziona. È quanto ho sperimentato e ho risolto mettendo quel particolare grafico in un documento a parte e compilato tutto con LuaLaTeX. Poi ho scontornato con pdfcrop e inserito l’immagine risultante.

E questo trucchetto mi fornisce lo spunto per dire che probabilmente, oggi, se dovessi ri-fare la mia tesi userei un metodo diverso, ossia la creazione di un Makefile per la compilazione. La strategia è spiegata molto bene nella fantastica guida di Elrond Introduzione a Make per compilare documenti LaTeX che trovi nella sezione Documentazione -> Guide Tematiche. Lì in effetti è già proposta una possibile soluzione, che prevede di utilizzare la classe standalone per la creazione delle figure. Io invece preferisco pdfcrop, perciò utilizzerei una normalissima classe article in cui inserire le figure e poi farei in modo di scontornarle con il programma. Un Makefile ti permette di fare queste cose in automatico. Se vuoi un esempio di questa strategia, guarda la struttura della guida tematica sulla macro [tt]\tikzmark[/tt] https://github.com/GuITeX/guidatikzmark : è stata realizzata proprio così.

Ciao
Claudio

Un makefile è certamente ideale per compilare tutti i grafici come singolo documento sorgente, e molto altro ancora.
Ma occorre tempo per impraticarsi e studiarsi almeno un po’ la guida tematica di Elrond, specie se si lavora sotto Windows dove make non è di casa.
Può andare bene l’esternalizzazione sempre che non diventi difficile gestire un numero elevato di grafici.

La soluzione più semplice è a mio avviso dedicare un file sorgente per grafico, ciascuno in una singola directory.
In fondo, mentre si sta lavorando ad un grafico si compila molte volte per controllare gli effetti delle modifiche e dei miglioramenti.
Quindi ci si può concentrare sul singolo grafico, e non serve usare un make file perché il grafico è comunque stato prodotto durante la sua lavorazione.
Sarebbe opportuno sistemare in un file unico le impostazioni generali per pgfplots, tipo le dimensioni del font, per lavorare con uniformità.

Saluti.
R.

tornio” post=81999Grazie per i vostri interventi.

Ho provato a compilare il listato test.tex inserendo l’opzione -shell-escape nella linea di comando e purtroppo ho sempre lo stesso errore per il quale ho iniziato il thread. Sono assolutamente convinto che scrivere un makefile sia la soluzione piu’ saggia e che sotto Linux tutto venga molto piu’ semplice. Tuttavia sono costretto ad utilizzare una piattaforma Windows in ufficio e mi devo adeguare ad utilizzare TeXMaker.

L’errore riportato e’ il seguente:
! Package tikz Error: Sorry, the system call ‘pdflatex -shell-escape -halt-on-e
rror -interaction=batchmode -jobname “test-figure0” “\def\tikzexternalrealjob{t
est}\input{test}”‘ did NOT result in a usable output file ‘test-figure0’ (expec
ted one of .pdf:.jpg:.jpeg:.png:). Please verify that you have enabled system c
alls. For pdflatex, this is ‘pdflatex -shell-escape’. Sometimes it is also name
d ‘write 18’ or something like that. Or maybe the command simply failed? Error
messages can be found in ‘test-figure0.log’. If you continue now, I’ll try to t
ypeset the picture.
See the tikz package documentation for explanation.

Se usi TeXMaker fai così:
1) vai su Utente -> Comandi personalizzati -> Modifica comandi utente. Ti esce una finestra con 5 comandi vuoti.
2) Scegli uno di questi comandi vuoti ed inserisci in “Voce di menu”: pdfLaTeXse (è solo un’etichetta, potresti scrivere quello che vuoi, ma così ti ricordi cosa fa).
3) In “Comando” incolla [tt]pdflatex -shell-escape -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex[/tt].
4) Dai ok.

Ora puoi compilare andando a scegliere nell’elenco dei metodi (Barra degli strumenti a destra della prima freccia) il tuo nuovo comando. Una volta scelto schiaccia la freccia per compilare.

Ciao
Claudio

tornio” post=81999Grazie per i vostri interventi.
! Package tikz Error: Sorry, the system call ‘pdflatex -shell-escape -halt-on-e
rror -interaction=batchmode -jobname “test-figure0” “\def\tikzexternalrealjob{t
est}\input{test}”‘ did NOT result in a usable output file ‘test-figure0’ (expec
ted one of .pdf:.jpg:.jpeg:.png:). Please verify that you have enabled system c
alls. For pdflatex, this is ‘pdflatex -shell-escape’. Sometimes it is also name
d ‘write 18’ or something like that. Or maybe the command simply failed? Error
messages can be found in ‘test-figure0.log’. If you continue now, I’ll try to t
ypeset the picture.
See the tikz package documentation for explanation.

Vuoi dire che da terminale hai dato il comando?:
`pdflatex -shell-escape -halt-on-error -interaction=batchmode -jobname “test-figure0” “\def\tikzexternalrealjob{test}\input{test}”`
Non ho capito perché usi un comando così complicato e in aprticolare perché ridefinisci il \jobname con un nome che contiene due parentesi.
Forse è la version di Linux che altera il tuo comando da terminale con tutta quella roba?

Perché non scrivi [tt]\def\tikzexternalrealjob{test}\input{test}[/tt] dento il file da compilare, dopo che hai caricato il pacchetto tikz?

se il file da collaudare si chiama prova-figura.tex e contiene qualla definziione dove ti ho detto, non basta scrivere?:
`pdflatex -shell-escape prova-figura`

Stai usando una distribuzione TeX Live o una distribuzione MiKTeX sul tuo Windows dell’ufficio? nel secondo caso l’opzione non è -shell-escape, ma è —enable-write18 (non sono sicuro del doppio trattino all’inizio dell’opzione; in ogni caso leggi la documentazione di MiKTeX partendo da Start | Programmi | MiKTeX | eccetera ,perché uno dei servizi disponibili è proprio il manuale di MiKTeX)

tornio” post=81999Grazie per i vostri interventi.

Ho provato a compilare il listato test.tex inserendo l’opzione -shell-escape nella linea di comando e purtroppo ho sempre lo stesso errore per il quale ho iniziato il thread. Sono assolutamente convinto che scrivere un makefile sia la soluzione piu’ saggia e che sotto Linux tutto venga molto piu’ semplice. Tuttavia sono costretto ad utilizzare una piattaforma Windows in ufficio e mi devo adeguare ad utilizzare TeXMaker.

L’errore riportato e’ il seguente:
! Package tikz Error: Sorry, the system call ‘pdflatex -shell-escape -halt-on-e
rror -interaction=batchmode -jobname “test-figure0” “\def\tikzexternalrealjob{t
est}\input{test}”‘ did NOT result in a usable output file ‘test-figure0’ (expec
ted one of .pdf:.jpg:.jpeg:.png:). Please verify that you have enabled system c
alls. For pdflatex, this is ‘pdflatex -shell-escape’. Sometimes it is also name
d ‘write 18’ or something like that. Or maybe the command simply failed? Error
messages can be found in ‘test-figure0.log’. If you continue now, I’ll try to t
ypeset the picture.
See the tikz package documentation for explanation.

Ricevi quell’errore se tu compili SENZA l’opzione -shell-escape.
Prova a dare il comando di compilazione con l’opzione (quello semplice che ti ha indicato OldClaudio) da terminale.
Evidentemente le impostazioni dell’editor non trovano la via corretta.
Ciao.
R.

OldClaudio” post=82004nel secondo caso l’opzione non è -shell-escape, ma è —enable-write18 (non sono sicuro del doppio trattino all’inizio dell’opzione

@OldClaudio, l’opzione è giustamente [tt]–enable-write18[/tt] con due trattini, ma con MiKTeX 2.9, anche [tt]–shell-escape[/tt] dovrebbe funzionare (e di fatti a me funziona).

@tornio, ma ottieni un file di log per ogni figura del file di test di @robitex? Dovresti vedere se nella cartella ci sono dei file che terminano per [tt]-figure0.log[/tt] e [tt]-figure1.log[/tt].

tornio” post=82011RISOLTO il problema!

Il tutto funziona semplicemente inserendo [tt]-shell-escape[/tt] tra le opzioni di pdflatex. Se si usa TeXMaker su Windows basta inserirla tra le opzioni che il software chiama quando si invoca il comando.

Nel mio caso la chiamata a pdflatex non funzionava a dovere probabilmente perche’ eseguivo l’operazione su una cartella di windows su disco remoto. Prima di adesso non ho mai avuto problemi, ma e’ bastato copiare il contenuto della mia directory sul disco fisso e tutto (magicamente) ha funzionato. Misteri di Windows. 🙂

In ogni modo vorrei ringraziare tutti coloro che sono intervenuti danndo questi preziosi suggerimenti. Ringrazio anche e soprattutto per la vostra pazienza!

Vabbé, non mi hai dato la soddisfazione di dare il comando da console. 🙁
R.