Nell’Arte le equazioni sono citate fra parentesi tonde come ha detto @Marco87. Le figure, le tabelle, i capitoli, i paragrafi, e ogni altro oggetto a cui ci si può riferire con \label, \ref,\vref, eccetera, non ẁ mai citato fra parentesi tonde.
Personalmente, anche se le formule sono etichettate con un numero al margine racchiuso fra parentesi tonde, non trovo sconveniente non usare \eqref nel testo per citarle; se si scrive in buon italiano dicendo “…la formula 3.1 rappresenta…” va bene anche senza parentesi, mentre scrivendo “.. la (3.1) rappresenta…” ci vogliono senz’altro le parentesi, ma non è buon italiano (e nemmeno buon inglese, francese, eccetera); scrivendo “… l’eq. (31.1) rappresenta…” si compie un ulteriore errore, nel senso che le abbreviazioni in tipografia sono concesse solo all’interno di incisi parentetici, per esempio “(\vedi eq. 3.1)”, e in questo so le parentesi che racchiudono il riferimento dell’equazione sarebbero davvero di troppo.
Vedi dunque che l’estetica tipografica, le abitudini consolidate sia personali sia generali, il fraintendimento del significato delle citazioni, sono cose su cui si trova una soluzione solo ragionandoci sopra, documentandosi e mantenendo un comportamento coerente, visto che questa è forse l’unica regola tipografica che non si può violare.