Quelle stringhe b/c0/c mi lasciano perplesso, molto perplesso; ma forse sono io che rendo fichi epr fiaschi.
Il messaggio dice che a un certo punto del tuo scritto vuoi usare il font tondo, nero esteso, diritto con la codfica OT1 con un corpo di 12.5pt; quel corpo non esiste, quindi ti prende il corpo più vicino a quello che richiedi.
Ora se quello è un corpo matematico, si può chiudere un occhio; ma se si tratta di un font di testo, allora mi domando perché usi la codifica OT1, che raccomandiamo sempre di non usare. Oltre tutto hai scelto i font newtxtext e newtxmath, che sono font continuamente scalabili; il cmr appartiene alla famiglia dei Computer Modern, non a quella dei New TX; da dove salta fuori?
Cerca di isolare il punto dove viene usato quel font e cerca di evitare di usarlo.
Alla seconda domanda capisco che non hai capito la differenza fra \mathbf e \bm.
\mathbof serve per mettere in nero le lettere che fanno parte della famiglia matematica operators; \bm serve per mettere in nero i simboli matematici e le lettere della famiglia letters. Generalmente il secondo serve per rendere nero un singolo simbolo, non un’intera espressione matematica; il primo serve per mettere in nero qualche simbolo in tondo, come quelli delle matrici (che per altro andrebbero in corsivo); per avere un’intera espressione nera bisogna dichiararlo prima di entrare in modo matematico, come, per esempio, una breve espressione matematic fa parte di un titolo di paragrafo (cosa sempre sconsigliabile). In questo caso si scriverà:`\section{Il triangolo rettangolo e la relazione \boldmath$a^2 +b^2 = c^2$\unboldmath}` ricordando di usare anche l’argomento facoltativo del comando \section, perché da \boldmath fino alla fine possono succedere cose inenarrabili prima che quella roba vada a finire nell’indice.
Concludendo i ocmandi \mathbf e \bm non sono intercambiabili ed entrambi non servono per mettere in nero una “formula”, ma caso mai segni isolati dentro una “formula”.