I matematici usano altri simboli per trasporre matrici; gli ingegneri usano l’apice T in tondo. quindi \ap{T} va bene, ma le quadre di bmatrix sono grandicelle e in matematica l’apice sale troppo in alto.
Secondo me hai due possibilità: o usi bmatrix ma schiacci l’apice con [tt]\ap{\smash{T}}, oppure usi la seondo forma ricordando di lasciare uno spazio dopo le virgole, perché l’opzione italian di babel usa la virgola intelligente in matematica, vale a dire che se la virgola è seguita da una cifra non lascia nessuno spazio interpretandola come virgola decimale, altrimenti mette uno spazio come quello che usa normalmente dopo gli altri simboli matematici.
Puoi sempre usare la terza forma, ma non usare \quad, bensì uno
degli altri spaziatori matematici come [tt]\;[/tt] oppure [tt]\:[/tt] che non mettono spazi così grandi come [tt]\quad[/tt].