Premessa: se hai deciso di seguire il metodo di @Elrond, allora leggere quanto sto per dire potrebbe confonderti le idee.
Come ha spiegato @cfiandra, il pacchetto [tt]pgfplots[/tt] permette di richiamare [tt]gnuplot[/tt] direttamente dal sorgente LaTeX. In altre parole, quando compili il tuo documento, il compilatore apre un’istanza di [tt]gnuplot[/tt], esegue i calcoli e dà il risultato in pasto a [tt]pgfplots[/tt], che realizza il grafico con i font che hai scelto. Quindi non hai bisogno di creare prima il grafico con gnuplot. Sull’Arte questo metodo non è esposto per brevità, ma sulla guida di [tt]pgfplots[/tt] c’è, è spiegato bene e non è per niente difficile (ci sono riuscito anch’io!): cerca [tt]gnuplot[/tt] nel pdf della guida.
Ciao