Non è TeXShop configurato male (a parte il path per ghostscript — dipende da dove l’hai installato). è il sistema MacTeX, o meglio la sua componente TeXLive che sembra installata male; prima di guardare TeXShop, devi vedere se un qualunque file .tex che prima compilavo, ora compila da terminale.
apri un terminale; con una serie di cd cambia directory per portarti in una cartella dove ci sia un file .tex sorgente che prima compilava; nella finestra dà il comando pdflatex <sorgente> e vedi se compila. Se non compila, come è probabile, visto che non trova nemmeno il comando kpsewhich, è l’installazione che non va bene.
Hai due dischi? magari uno esterno? se hai installato sul disco esterno il path per raggiungere gli eseguibili della distribuzione nonon possono più corrispondere a /usr/texbin, ma è certamente qualcos’altro, per esempio /Volumes/
Insomma cerca di capire come hai installato MacTeX, specialmente dove l’hai installato; perché il percorso /usr/texbin parte dalla radice del disco Macintosh, non dalla radice di un altro disco; analogamente, se alla domand dell’installer che ti proponeva di aggiungerlo al disco Macintosh, tu hai risposto con un altro percorso, l’ui l’ha afatto, ma poi sei tu che devi dirlo anche agli altri programma come TeXshop, perché è probabile che il link simbolico /usr/texbin non punti al posto giusto.
Ecco,a questo proposito, apri Finder; clicca su goto e scegli il folder /usr; Finder ti mostra le cartelle e i file che la radice contiene (tra cui la cartella usr in cleeste chiaro, perché è nascosta) nella colonna a destra ti mostra il contenuto della cartella /usr; da me vi compare la cartella texbin in azzurro che mostra una freccilina nera nell’angolo in basso a sinistra; quello è il segno che si tratta di un link simbolico; cliccaci sopra col destro e scegli la voce Show original: ti si apre una visione con le cartelle nella prima colonna che cominciano con bin, nella seconda colonna da me viene evidenziato il nome della cartella x86_64-darwin; e nella terza colonna l’elenco di tutti i file e cartelle contenuti in questa dal nome misterioso (in realtà x84 si riferisce al processore INTEL e 64 si riferisce al fatto che si tratta di un processore a 64 bit; darwin è il nome in codice del sistema operativo OS X) trattandosi di file eseguibili, essi sono specifici per l’architettura del processore e del sistema operativo. Non solo, ma nella corince inferiore dell finestra del Finder c’è il percorso completo Macintosh usr local texlive 2013 bin x86_64-darwin (senza gli slash) che permette di vedere esattamente dove si trova questa cartella.
Se tu vedi le stesse cose, ma pdflatex non funziona, allora il tuo è un vero mistero.