Da quel che ho capito che tu abbia fatto, hai violato le norme. Può darsi che io abbia capito male e mi spiego.
Da quel che hai scritto, sembrerebbe che tu abbai modificato classicthesis.sty mettendoci le mani dentro per modificarlo; questo è vietato per diversi motivi; ma se non hai fatto così, fermati qui, accetta le mie scuse e non leggere più il resto del mio messaggio.
Dunque le regole e licenze che hai violato sono le seguenti.
1) ogni file che gli autori caricano su CTAN è coperto da una licenza, sia essa la LPPL (LaTeX Project Public Licence) o la Creative Commons, o una delle diverse licenze GNU, non ha importanza; nel file di documentazione (nel tu caso leggilo da terminale dando il comando questa licenza è la GNU General Public License; cercala e leggila.
2) La regola specifica che André Miede ha scritto nella pagina 4 è quanto segue:
important note: Some things of this style might look unusual at first glance, many people feel so in the beginning. However, all things are intentionally designed to be as they are, especially these:
• No bold fonts are used. Italics or spaced small caps do the job quite well.
• The size of the text body is intentionally shaped like it is. It supports both legibility and allows a reasonable amount of in- formation to be on a page. And, no: the lines are not too short.
• The tables intentionally do not use vertical or double rules. See the documentation for the booktabs package for a nice discus- sion of this topic.3
• And last but not least, to provide the reader with a way easier access to page numbers in the table of contents, the page num- bers are right behind the titles. Yes, they are not neatly aligned at the right side and they are not connected with dots that help the eye to bridge a distance that is not necessary. If you are still not convinced: is your reader interested in the page number or does she want to sum the numbers up?
Therefore, please do not break the beauty of the style by changing these things unless you really know what you are doing! Please.
Ti ho messo in rosso la frase finale, perché è la raccomandazione dell’autore; cosicché cambiare qualunque cosa vuol dire violare la sua richiesta gentilmente terminata con un “Per favore.”
3) Se anche non ci fossero licenze e gentili richieste, costituisce un erroere tattico quello di modificare una classe o un modulo di estensione del Sistema TeX; hai due strade per farlo ed entrambe si commentano da sole:
3a) copi l’intero file, gli cambi nome e poi ci fai sopra quel che ti pare, scrivendovi dentro che il fiel è stato inzialmente scritto da Mario Rossi e che tu, Giovanni Bianchi l’hai modificato a tuo piacimento. Tutto questo lo fai copiando il file da modificare e da cambaire di nome nel tuo albero personale, cosicché non ci sia nessun pericolo di contaminare i file originali; i quali file originale devono restare tali e se non lo facessi nel tuo albero personale, la prima volta che aggiorni il sistema perdi tutte el modifiche che hai fatto.
3b) nel preambolo della tua tesi o del tuo documento inserisci tutti i \renewcommand e i \renewenvironment che vuoi, riscrivendo i comandi che vuoi modificare con le modifiche che vi apporti tu, e che restano scritte solo nel tuo preambolo e non si propagheranno mai ad altri documenti, né contamineranno i file del sistema TeX.
Vedi dunque che modificare una classe o un modulo di estensione come classicthesis.sty, oltre ad essere difficile in sé, è anche una strategia sbagliata.
Per un modulo di estensione come classicthesis.sty, metterci le mani dentro per modificare anche solo una virgola vuol dire modificare lo stile del grande book designer Robert Bringhurst; come tale egli di tipografia se ne intende ed è un maestro seguito in tutto il mondo; certo anche lui afferma che le regole ci sono e sarebbe meglio non violarle, ma se uno sa esattamente quello che sta facendo, le può violare. Per affermare che uno sa che cosa sta facendo, bisogna che questo uno la sappia molto lunga sulla tipografia e sul disegno del libro. Ora io uso da circa 30 anni LaTX e compagnia; di tipografia ne ho imparato qualche cosina, ma mi sento un perfetto ignorante; ho una certa invidia per coloro che hanno fatto i 5 anni della Scuola del Libro di Urbino, famosa in Italia e nel mondo; loro si che possono violare le regole di Bringhurst perché per definizione sanno quello che stanno facendo. Io no, non posso violarle. Nemmeno tu che sei agli inizi con LaTeX, a meno che tu non ti sia già diplomato alla Scuola del Libro.
Ciao e non te la prendere se sei arrivato a leggere fin qui; quello che ti ho detto dovrebbe aiutarti ad evitare gli errori di tutti i principianti, errori che io ho commesso tutti quando ero un principiante. 🙁