Mi permetto di osservare quanto segue:
1) non ha crato una classe modificando la classse book, ma la classe report;
2) La classe report non contiene i comandi \frontmatter, \mainmatter e \backmatter, né mi pare che tu li definisca nella tua classe;
3) \include esegue un comando \cleardouble page al suo inizio, quindi all’occorrenza inserisce una pagina bianca, perché vuole ricominciare a comporre da una pagina dispari; a te le pagine dispari vengono a sinistra? a me risulta che se non sono stati commessi pasticci con le cose iniziali come il frontespizio (comando \maketitle), le pagine con numero dispari sono a destra;
4) l’opzione reqno non esiste con nessuna classe, sia perché è il comportamento predefinito, sia perché, appunto non è definita perché inutile. Esiste l’opzione leqno per scrivere i numeri delle equazioni a sinistra.
La lettura di una buona guida come l’Arte di scrivere con LaTeX non guasterebbe.
Per creare classi come la tua tesidilaruapd.cls si può fare, ma leggi la guida tematica sulle classi, da scaricare dalla sezione Documentazione di questo sito.
Sono quasi sicuro che usando convenientemente il pacchetto frontespizio (leggine la documentazione usando il terminale e il comando texdoc frontespizio) Probabilmente puoi scrivere la tua tesi senza bisogno di scrivere nuove classi. Il pacchetto geometry (leggine la documentazione con texdoc geometry ti permette di modificare dimensioni e margini (che non mi pare che tu abbia modificato nella tua classe).