Se togli l’opzione [tt]eulermath[/tt] i pedici sono nuovamente centrati, quindi è un problema legato al tipo di font. Sembra ad occhio (correggetemi pure se sbaglio) che la centratura sia fatta rispetto il carattere inclinato normale e non rispetto al nuovo font [tt]Euler[/tt]. Sembra che il comando [tt]\limits[/tt] non funzioni bene con questo tipo di font.
La spaziatura manuale andrebbe bene se tu avessi un singolo integrale, Ma trattandosi una tesi di fisica è impensabile, dato che userai certamente un gran numero di formule. Se provi il font matematico di default o quello di LatinModern la centratura è perfetta. Mi spiace o cambi font o aspetti qualcuno che sappia come sistemarti le cose 🙁
PS: Il tuo codice mi dà un warning, legato al fatto che non si possono usare le impostazioni [tt]floatperchapter[/tt] e [tt]nochapter[/tt] insieme perché l’ultima opzione esclude automaticamente la prima. Ti tocca togliere anche [tt]floatperchapter[/tt].