[tt]chemfig[/tt] è il miglior pacchetto per disegnare molecole: ha una sintassi facile e virtualmente puoi disegnare di tutto (con un po’ di pazienza e la giusta conoscenza di TiKz). La pecca più grossa è che rallenta la compilazione in modo consistente. Se devi aggiungere molte molecole (come io in certi appunti di organica che mi sono ricopiato) e disegni, prendi in considerazione se farli a parte e poi importarli come immagini pdf. Discreto anche per fare reazioni tra molecole. Se poi leggi le documentzazioni degli altri pacchetti, puoi notare che viene sempre impiegato. Io lo affiancherei con [tt]mhchem[/tt] che ti permette di disegnare velocemente qualsiasi formula bruta e reazione semplicemente scrivendo i numeri o comandi opportuni (per esempio \ce{C6H12O6 + 6O2 -> 6CO2 + 6H2O} ti restituisce i numeri correttamente a pedice o come coefficienti stechiometrici con la freccia disegnata) e se ricordo bene ti permette di usare un ambiente che numera le reazioni.
[tt]mychemistry[/tt] non lo mai utilizzato, ma i pacchetti sopra fanno già buona parte di ciò che ti serve. Ho dato una lettura veloce al manuale e sembra faccia poco di più di [tt]chemfig[/tt] ad una prima occhiata.
Ti aggiungo un altro pacchetto che sto provando: [tt]chemmacros[/tt] ti offre una variegata quantità di macro (anche troppe forse), magari dai un’occhiata al manuale. Simile come funzionamento a [tt]mhchem[/tt], ne amplia le macro, permettendo un gran numero di personalizzazioni, a scapito però dei tempi di compilazione.
Se hai dei dubbi non esitare a postare. Nel possibile cercherò di risponderti.