Ho copiato il tuo sorgente da compilare con pdfLaTeX. i caratteri che non riesce a rendere con i font codificati T1, sono i segni di cesura che compaiono nelle parole che danno fastidio e che pdfLaTeX, non sapendo come renderli, non rende, e il tutto appare corretto.
Il punto è che hai fatto del copia e incolla; quando fai così, copi anche le cesure in fin di riga che compaiono nel testo che hai copiato. Con XeLaTeX la cosa funziona, perché i font usati prevedono anche il segno di “a capo” speciale che usano certi impaginatori per impaginare il testo; questo carattere non è presente nei font codificati T1, quindi dà errore; è codificato nei font UNICODE, quindi con XeLaTeX che usa i font UNICODE,non da errore.
Ma l’errore vero sta nel copiare e incollare, senza rivedere quello che si è incollato.
Per esempio bisogna vedere se le parole sono divise da un trattino; se lo sono, bisogna togliere il trattino rivedendo parola per parola il testo incollato; la presenza del trattino, tra l’altro, appare nel testo ricomposto con XeLaTeX, e ci sta male, anche perché ricomponendo su una giustezza diversa gli “a capo” vanno in posto diversi. Se si compone con pdfLaTeX, ammesso che il trattino fosse rappresentabile, esso impedirebbe la cesura in punti diversi da dove si trova, e quindi ricomponendo il testo con una giustezza diversa, le righe potrebbero risultare divise male.
Inoltre nel testo sorgente che hai copiato, i capoversi non sono separati tutti con una riga vuota; per pdfLaTeX e per XeLaTeX la mancanza della riga vuota significa che il capoverso prosegue ininterrotto; quindi vengono capoversi lunghissimi, che rendono la lettura difficile e lenta.
Ecco quindi che copiare e incollare (ammesso che sia lecito e non si violino i diritti di copyright di colui o di coloro che li detengono, e ammesso che, ricevuto il permesso di copiare e incollare, si sia attribuita la paternità correttamente a colui o coloro che ne detengono la proprietà intellettuale, richiede comunque interventi manuali per non alterare la sostanza del testo, ma solo la forma compositiva.
Comporre su colonne parallele due testi che non hanno nulla a che vedere l’uno con l’altro, potrebbe essere anche giusto (ne dubito) ma la composizione va fatta su colonne più larghe, quindi su una griglia di stampa a due colonne con una base più larga di quella di default. Inoltre le colonne parallele hanno senso, in pratica, solo se si mantiene l’allineamento dei capoversi, cioè in modo che il capoverso della colonna di sinistra composto nella lingua A, abbia la prima riga allineata con la prima riga del capoverso di destra scritto nella lingua B.
Fatti questi commenti (non richiesti) credo di averti spiegato l’origine di quegli errori che ti venivano con pdfLaTeX.