Buon set di domande:
1) Qualunque posto dove pdfLATeX lo possa trovare, ma direi che il posto migliore sia proprio la stessa cartella dove hai messo il tuo font.
1.bis) non credo: perché tutti gli altri file di configurazione sono formati dal prefisso [tt]mt-[/tt], dal nome della famiglia e poi dal suffisso[tt].cfg]; questo file non dovrebbe fare eccezione per i MinionPro; tuttavia basta provare e vedere che cosa dice l’eventuale messaggio d’errore se non lo trovasse.
2) il modulo docstrip strappa via i commenti dai file .cls,, .sty,, .cfg, eccetera; serve per la documentazione dei pacchetti (potrebbe essere utile una lettura scelta della Guida tematica sulla creazione di nuove classi; ti chiarirebbe le idee, anche se magari non ne faresti mia uso…); Tuttavia se il file .cfg è stato creato togliendo i commenti da un altro file, quest’altro file doveva avere estensione .dtx, che sta per “documented TeX” file; se leggi quello che c’è scritto accanto al ponto dove hai trovato la dicitura “…generated with docstrip…”, lì puoi leggere la documentazione; se passi il file a pdflatex (nonostante al sua estensione strana) pdflatex te lo compila e te ne da l’informazione scritta in modo da poterla leggere da cristiani. La documentazione più semplice è contenuta nella guida tematica che ti ho indicato; poi se vuoi approfondire, in quella guida ci sono i riferimenti bibliografici per farlo.
2.bis) il file non è standard, altrimenti sarebbe già distribuito con TeXLive, ma non credo che contenga stranezze; tu dove l’hai trovato? In rete, suppogo, ma dove? se lo apri con il solito editor epr file .tex, ci trovi scritte dentro delle informazioni non troppo complicate da decifrare: in sostanza dicono di quanto le grazie o comunque le sporgenze dei glifi possono protrudere, e di quanto si può comprimere o dilatare il font quando vuoi sfruttare la tecnica microtipografica dell’espansione. Se anche volessi intervenire a mano te lo sconsiglio vivamente, perché si potrebbero fare danni irreparabili (almeno fattene un back-up prima di metterci le mani sopra); il punto è che si tratta di informazioni estremamente delicate da modificare o da scrivere; Piuttosto se c’è qualcosa che ti sembra scorretto e modificabile, informane l’autore del file .dtx, spiegandogli bene il perché e il percome ritieni che la modifica che proponi sia utile o necessaria.