Direi che il tuo esempio minimo, a parte alcune sviste, come la mancanza di \selectfont dopo l’iniziale comando \fontsize{12}{15}, possa fare quello che deve; però devi togliere [tt]\usepackage[font=footnotesize]{idxlayout}[/tt] che risulta un po\ incompatibile con le opzioni che hai dato ai due comandi \makeindex, fra le cui opzioni strebbe ebne anche intoc, per inseririe quegli indici nell’indice analitico, senza mettere nessun \addcontentsline perima dei due printindex.
Quello che ti succede, però è che nella pagina 9 del tutorial leggibile con texdoc ind, è detto chiaramente che l’incapsulazione di see{entry} dpo il comando di incapsulazione |, non contiene il numero della pagina, quindi il comando \index che conteneesse una cosa del genere non potrebbe essere oridinato e quindi è del tutto irrilevante dove si trovi; se tu mettessi all’inzio del documento tutti quegli \index[nomi]{…contrata|see{…}} e non li ripetessi ogni volta che vuoi indiciizzare, cessò, Platee, sarebbe esattamente lo stesso; allora tutti questi ripetuti mackup di cose da indicizzare mettili una volta sola, e mettili nel file sorgente in ordine alfabetico, e vedrai che l’incie dei nomi ti viene bene. Con see also sembra che le cose siano diverse, perché cè il numero della pagina, del tipo contrata, 27, see Platee; anche in questo caso, però, mi aspetterei delle stranezze. Non l’ho provato, ma non sarebbe difficile da verificare.
Devo dire che il tutorial da leggere con texdoc ind sia una buona integrazione della documentazione da leggere con texdoc makindex anche se vi vengono ripetute diverse cose con le stesse parole.