Cerca nel tuo file il punto dove chiami imakeidx e sostituisci con quanto segue:
`%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%INDICI%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%% RIDEFINIZIONE DI theindex PERCHÉ LAVORI A LIVELLO DI \section E PERCHÉ
%%%%%%%%%%%%%%% SCRIVA IL SUO CONTENUTO IN CORPO \fotnotesize
\renewenvironment{theindex}
{\if@twocolumn
\@restonecolfalse
\else
\@restonecoltrue
\fi
\twocolumn[\section*{\indexname}]%
\@mkright{\MakeUppercase\indexname}%
\thispagestyle{plain}\parindent\z@
\parskip\z@ \@plus .3\p@\relax
\columnseprule \z@
\columnsep 35\p@
\let\item\@idxitem
\footnotesize}
{\if@restonecol\onecolumn\else\clearpage\fi}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{imakeidx} % Creazione di indici multipli
%<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
\makeatletter
\def\imki@toclevel{section}% con la classe report è definito \chapter, quindi bisogna imbrogliare imakidex se si vogliono gli indici analitici nell'indice generale a livello di \section
\makeatother
%<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
%\usepackage[font=footnotesize, totoc=true]{idxlayout} % Customizza la grafica degli indici (es. in un solo paragrafo-> itemlayout=singlepar)
\makeindex[title=Rogatari dei documenti, columns=1, intoc=true] % Genera l'indice di default.
\makeindex[name=nomi,title=Nomi propri e di luogo, columns=1, intoc=true] % Genera altro indice
` e prendi nota che sono stato disonesto a dirti che era semplicissimo; in effetti bastavano poche righe di codice, ma bisognava imbrogliare imakeidx riedefinendone una macro interna.
Verso la fine del tuo esempio non tanto minimo, cerca \phantomsection (che è un comando deifnito da hyperref, che immanginavo tu avessi caricato) e semplicemente commentalo; se lo lasci nel file, sia pure commentato, nel caso che volessi caricare hyperref, ti basta decommentarlo.