Il tuo codice è talmente pieno di “perle” che sarebbe necessario cambiare quasi ogni riga. Leggi ben bene L’arte di scrivere con LaTeX; il tempo che consumi a leggerlo (salta i capitoli un po’ specializzati; li leggerai poi, ma guarda a che cosa si riferiscono).
Segui il consiglio che ti è stato dato: componi con la classe book senza preoccuparti di perosnalizzare niente; lo fari poi, non cercare di fare come si fa con Word: prima il Page Setup, poi scrivi . Con LaTeX prima scrivi, poi eventualmente personalizzi la paigna.
Cerro è che non ha capito come funzizoni il pacchetto fancyhdr (leggi la documentazione con texdoc fancyhdr. Non hai capito a cosa serva e come funzioni il pacchetto inputenc con la codifica utf8, tant’è che negli esempi sotto metti le lettere accentate con le macro epr gli accenti; proprio quello che \usepackage[utf8]{inpuenc} ti permetterebbe di evitare (leggi la guida tematica sulle codifiche; scaricala dalla sottosezione Guide Tematiche della sezione Documentazione di questo forum); certo non hai capito a cosa servano \frontmatter, \mainmatter e \backmatter e che cosa vada a finire negli indici e che differenza ci sia fra i comandi di sezionamento senza o con l’astrisco; e via di questo passo.
Quindi, per tua comodità e conveniente non configurare/personalizzare niente; scivi la tesi e alla fine quando la metterai in bella potrai anche giocare con le perosnalizzazioni, am dopo aver studiato bene la documentazione di ogni pacchetto; non caricare nessun pacchetto se non conosci nel dettaglio che cosa faccia; la riga di commento del tuo template è troppo scarna per riassumere che cosa faccia ogni pacchetto; perciò togli tutto tranne le prim quattro righe dopo \documentclass e scrivi la tesi; togli anche le opzioni alla classe; togli anche \linespread{1.5} che è una vergogna solo il pensarlo. Via via aggiungerai i pacchettic che ti servono davvero, ma solo dopo averne letto la documentazione. Certo graphics serve in generale, ma non serve solo per le immagini; lisitings può servire, am se non leggi la documentazione non serve a niente. il pacchetto emptypage con l’opzione openay non serve a niente; e via di questo passo.
PRIMA SCRIVI LA TESI E POI PERSONALIZZI!