Hai due problemi:
1) una interlinea supplementare se una riga contiene un esponente di nota;
2) interlinea supplementare per la prima riga di ogni capoverso se la pagina successiva comincia con un comando di sezionamento.
Per il primo problema, forse la colpa è di enotez, se quell’esponente si riferisce ad una nota che deve andarea a fondo capitolo; potrebbe essere che enotex metta uno strut prima del testo dell’esponente di nota; bisognerebbe capire dov’è, chei lo produce, che dimensioni ha, eccetera, a ci perderei troppo tempo a leggere il codice di enotex, che, essendo scritto in linguaggio L3, non sono in grado di capire.
Per il secondo problema, quello che ottieni è il comportamento normale affinché il titolo di una sezione sia seguito da almeno due righe di testo per evitare righe orfane, e per evitare che il tiolo stia in fondo ad una pagine e la sezione inizi nella pagina successiva, quindi se mancano meno di 4 righe, e con certi titoli meno di 5 righe di testo alla fine della pagina,il motore di composizione emette un comando \newpage e allarga gli spazi verticali disponibili nella pagina che ha appena troncato.
Mettere \raggedbottom non è una buona idea, perché un po’ di allargamento di spazi ci vuole anche in pagine che non siano di solo testo, ma, oltre a un titolo di sezione, possano contenere oggetti che non sono alti un multiplo di \baselineskip (figure, tabelle, matematica, eccetera. Tu hai bisogno di chiudere bene, anche, eventualmente con un fondo pagina non allineato, la sezione precedente alla nuova sezione.
allora io ho risolto da tempo questo problema con una macro da mettere alla fine della sezion da troncare, prima della nuova sezione:
`% comando per troncare una pagina a mano se e solo se mancano poche righe alla fine della pagina
\newcommand*\goodpagebreak[1][4]{%
\ifdim\dimexpr\pagegoal-\pagetotal<#1\baselineskip\newpage\fi}
\let\buonfinepagina\goodpagebreak`
Puoi cambiare il vaore 4 usato come argomento di default, ma penso che il valore 4 sia il valore più opportuno. Si usa così:
`bla bla bla bla bla bla.
\goodpagebreak
\section{Nuova sezione}
Bla bla bla bla bla \dots`
Se il titolo della nuova sezione si svolgesse su due righe, allora si potrebbe usare l'argomento facoltativo:`\goodpagebreak[5]` magari anche 6 invece di 5; insomma il valore è da aggiustare sperimentalmente, ma, per me, non è un problema, perché tanto prima di finire un documento si ricompila tante volte che aggiustare il valore in occasione di una ricompilazione qualsiasi non fa perdere che pochi secondi.
PS:
[tt]\selectfont[/tt] non serve quando usi \usefont; vedo che lo usi bene dopo \fontsize, ma allora visto che tutto è normale in quel comando perché invece di`\newcommand*{\TitleFont}{%
\usefont{\encodingdefault}{\rmdefault}{b}{n}%
\fontsize{26}{22}%
\selectfont}`non scrivi semplicemente`\newcommand*{\TitleFont}{\fontseries{b}\fontsize{26}{22}\selectfont}`
Sei convinto che per il testo del titolo vada bene una composizione sterlineata?
[sterlineato: avanzamento di riga minore del corpo]