Per scrivere con alfabeti diversi da quello cosiddetto Latino direi che la cosa più semplice sia quella di usare XeLaTeX con polyglossia; non mescolerei affatto babel e poliglossia nello stesso documento; e se la cosa riguarda solo le eccezioni io non ho mai avuto al necessità di servirmene, e qui forse sta il mio limite di (in)comptenza.
Tuttavia non vedo che male ci sia a impostare le eccezioni con distinti comandi \hypenation facendoli precedere dalla selezione della lingua a cui quelle cccezioni competono; farei il tutto dopo \begin{document} e chiuderei il blocco delle eccezioni con la selezione della lingua principale; questa procedura artigianale può venire usata sia con babel sia con polyglossia, quindi non ci sono problemi di nessun genere;, almeno non ne vedo, ma ri-sottolineo la mia mancanza di esperienza in merito.
Tutto sommanto non è molto diverso da quello che suggerisce Enrico per quando si usi babel; specificare \hypehnrules singifica scegliere i patterni duna lingua senza attivare tutto il meccanismo di quella lingua come si farebbe con \selectlanguage.
Invece non i convince la proposta di Bezos per il futuro babel 3.10 (non ancora distribuito con TeXLive) di usare \babelhypenation{lingua1, lingua2,…}{eccezioni} per chè questo aggiungerebbe le eccezioni alle tabelle di eccezioni di tutte le lingue della lista; questo potrebbe servire solo per marcare le eccezion di nomi che costituitscano dei “trademark” indipendenti dalle lingue e quindi comuni a tutte le lingue.; non inutile ma, direi, di scarsa utilità.